结论：加班扣一个休日补贴是否合法，需根据加班的具体情况来判断。如果是休息日加班且不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的200%的工资报酬，此时扣休日补贴不合法；如果是工作日延时加班，法律并未禁止用人单位进行调休，但需确保调休规定合法有效，且不能以扣休日补贴的方式替代加班费；如果是法定休假日加班，用人单位应支付不低于工资的300%的工资报酬，且不得安排补休，扣休日补贴同样不合法。
分析：
休息日加班：
- 根据《劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的200%的工资报酬。这意味着，如果劳动者在休息日加班，且用人单位不能安排补休，那么用人单位必须支付加班费，而不能以扣休日补贴的方式替代。
工作日延时加班：
- 同样根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的工资报酬。虽然法律并未明确禁止用人单位对工作日延时加班进行调休，但调休规定必须合法有效，且不能以扣休日补贴的方式替代加班费。如果用人单位拟对工作日延时加班进行调休，应在工作时间的规章制度中进行明确规定，并确保该部分规章制度规定经过法定的民主程序、公示程序等，以确保其合法有效。
法定休假日加班：
- 法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的300%的工资报酬，且不得安排补休。这意味着，在法定休假日加班的情况下，用人单位必须支付加班费，且不能以任何形式（包括扣休日补贴）替代加班费。
建议：
- 如果您遇到了加班扣休日补贴的情况，首先应明确加班的具体性质（是休息日加班、工作日延时加班还是法定休假日加班）。
- 根据加班的性质，对照上述法律规定，判断用人单位的行为是否合法。
- 如果用人单位的行为不合法，您可以与用人单位进行协商，要求其支付应得的加班费。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果用人单位的行为被认定为违法，其可能需要支付应得的加班费，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 作为劳动者，您有权要求用人单位按照法律规定支付加班费，并有权对用人单位的违法行为进行投诉或申请劳动仲裁。