核心结论：自离后工资和离职手续的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 自离后工资的处理
   根据《劳动合同法》第三十条，用人单位必须支付劳动者已提供劳动部分的工资，无论离职方式是否合法。即使您未办理离职手续擅自离职，公司也无权扣发全部工资，但可能扣除以下费用：

   • 实际损失赔偿：若您的自离行为给公司造成直接经济损失（如未交接导致项目停滞、客户流失等），公司可要求赔偿，但需承担举证责任（如损失金额、因果关系等）。
     
   • 未归还财物费用：若您未归还公司财物（如电脑、设备等），公司可从工资中扣除对应价值，但需提供财物清单及价值证明。
     注意：公司扣除费用后，剩余工资仍需支付。若公司拒付工资，您可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张工资及可能的经济补偿（如公司违法解除劳动合同）。

2. 离职手续的办理
   自离后，您仍需主动联系公司办理离职手续，否则可能面临以下风险：

   • 社保、公积金断缴：未办理离职手续可能导致公司未及时停缴社保、公积金，影响您后续入职新单位或享受相关待遇。
     
   • 档案、户口转移问题：若您的档案或户口在公司，未办理离职手续可能导致公司拒绝配合转移，影响您后续就业或生活。
     
   • 背景调查风险：未来新雇主可能联系原公司进行背景调查，未办理离职手续可能影响您的职业声誉。
     建议：即使自离，也应尽快与公司协商补办离职手续（如交接工作、归还财物、签署离职证明等）。若公司拒绝配合，您可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司出具离职证明并配合办理相关手续。

总结：自离后，您有权要求公司支付工资，但需承担可能因自离给公司造成的损失；同时，建议您主动补办离职手续，以避免后续风险。如有具体纠纷，可进一步向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解决方案。