针对您提出的“和私营单位1999年签合同单位只交社保，2006年单位才交医保是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条的规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这里的社会保险费，通常包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险（在部分地区或时期，生育保险可能并入医疗保险）。因此，从法律层面讲，用人单位在劳动者入职后，就应当为其缴纳包括医疗保险在内的各项社会保险。

接下来，我们针对您的情况进行具体分析：

1. 合同签订时间：您与私营单位在1999年签订了劳动合同。根据劳动法，从合同签订之日起，单位就应当为您缴纳社会保险。

2. 社保缴纳情况：您提到单位从1999年开始只交了社保（这里可能指的是养老保险等部分险种），而医疗保险直到2006年才开始缴纳。这明显存在一段时间的医疗保险未缴纳情况。

3. 合法性判断：

   • 如果单位在1999年至2006年期间确实未为您缴纳医疗保险，那么这一行为是违反了《中华人民共和国劳动法》第七十二条的规定的。
   • 医疗保险是社会保险的重要组成部分，单位有义务为您缴纳。未缴纳或未足额缴纳都可能构成违法行为。

4. 后续建议：

   • 如果您希望维护自己的合法权益，可以与单位进行协商，要求单位补缴未缴纳的医疗保险费用。
   • 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，从法律层面讲，私营单位在1999年至2006年期间未为您缴纳医疗保险是违法的。您有权要求单位补缴未缴纳的医疗保险费用，并可以通过合法途径维护自己的权益。希望这些分析能对您有所帮助。