结论：单位在入职时仅缴纳社保而不缴纳住房公积金的行为不合法，且若未依法缴纳全部社保险种也属于违法行为。以下从不同角度展开分析：

1. 社保与公积金的缴纳义务

根据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》：

• 社保缴纳是法定义务：单位必须为员工缴纳养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险（部分地区已合并生育保险至医疗保险）。若单位未缴纳或未足额缴纳，员工可向当地社保部门投诉，要求补缴。
• 公积金缴纳同样强制：根据《住房公积金管理条例》，单位必须为员工缴纳住房公积金，且缴费基数和比例需符合规定。若单位未缴纳，员工可向当地住房公积金管理中心投诉，要求补缴。

关键点：社保和公积金的缴纳是独立的法定义务，单位不得以“已缴纳社保”为由拒绝缴纳公积金。

2. 单位仅缴纳社保的常见风险

• 行政处罚风险：若单位未缴纳公积金，住房公积金管理中心可责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可申请法院强制执行，并可能处以罚款。
• 员工维权风险：员工可通过劳动仲裁或诉讼要求单位补缴公积金，并可能主张经济补偿（如因单位违法行为导致员工离职）。
• 信用风险：单位未依法缴纳社保和公积金可能被纳入征信系统，影响企业信誉和融资能力。

3. 员工如何维权？

• 社保问题：向当地社保部门（如社保局、劳动监察大队）投诉，要求单位补缴社保并承担滞纳金。
• 公积金问题：向当地住房公积金管理中心投诉，要求单位补缴公积金并承担滞纳金。
• 证据准备：保留劳动合同、工资条、社保缴费记录等证据，以证明劳动关系和单位未依法缴纳的事实。

4. 特殊情况说明

• 试用期缴纳：根据《劳动合同法》，试用期包含在劳动合同期内，单位必须从入职之日起为员工缴纳社保和公积金。
• 非全日制员工：非全日制员工（如兼职）通常不纳入公积金缴纳范围，但单位仍需为其缴纳工伤保险。

建议：若您发现单位仅缴纳社保而未缴纳公积金，或未依法缴纳全部社保险种，可先与单位协商补缴；协商无果的，及时向相关部门投诉或寻求法律帮助。如有进一步疑问，可直接向我咨询。