在合同或其他民事法律关系中，约定在甲方所在法院起诉通常是有效的，但前提是该约定不违反《中华人民共和国民事诉讼法》中关于级别管辖和专属管辖的规定，并且是双方真实意思的表示。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律效力的基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，这包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
有效条件：
- 双方真实意思的表示：管辖协议必须是双方自愿、平等协商的结果，不能存在欺诈、胁迫等情形。
- 不违反级别管辖和专属管辖：例如，如果纠纷涉及不动产等特定类型的案件，可能因违反专属管辖而无效；如果约定的法院不符合法律关于级别管辖的规定，该约定同样可能无效。
二、具体应用中的注意事项
明确甲方所在地：
- 在签订协议时，应清晰界定“甲方所在地”的具体含义和范围，以避免后续争议。对于自然人，通常指户籍所在地或经常居住地；对于法人或其他组织，则通常指注册地或主要办事机构所在地。
书面形式要求：
- 管辖协议必须采用书面形式，包括合同中的条款或单独的管辖协议等。口头约定不具有法律效力，因此在签订合同时，务必确保管辖条款以书面形式明确记载。
协议的变更和撤销：
- 如需变更或撤销管辖协议，应协商一致并采用书面形式，同时遵循相关法律规定。任何单方面的变更或撤销都可能引发法律纠纷。
三、实际操作中的处理
提起诉讼：
- 若合同双方发生纠纷，可按照管辖约定向甲方所在地人民法院提起诉讼。在提起诉讼时，应准备充分的证据材料，并按照法院的要求填写起诉状等法律文书。
多地起诉处理：
- 若当事人已分别向所在地人民法院提起诉讼，应根据最高人民法院的司法解释处理。即由先立案的人民法院管辖；若立案时间难以分清先后，则由两地人民法院协商解决；协商解决不了的，由它们的共同上级人民法院指定管辖。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果管辖协议有效，那么双方应遵守约定，向甲方所在地人民法院提起诉讼。如果一方违反约定，向其他法院提起诉讼，可能会被法院驳回起诉或移送至约定法院。
- 如果管辖协议无效，那么双方应按照法定管辖原则确定管辖法院，这可能会增加纠纷解决的成本和时间。
建议：
- 在签订合同时，应充分考虑管辖条款的重要性，并咨询专业律师的意见，以确保管辖条款的合法性和有效性。
- 如果双方对管辖法院有争议，可以尝试通过协商、调解等方式解决，以避免不必要的法律纠纷。
总结来说，约定在甲方所在法院起诉的效力取决于多个因素，包括双方的真实意思表示、是否违反级别管辖和专属管辖的规定等。因此，在签订合同时，务必谨慎考虑管辖条款，并咨询专业律师的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。