结论：合同中约定在甲方（个体工商户）所在地法院起诉的条款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、协议管辖的基本原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”这一条款明确了协议管辖的合法性，并规定了选择管辖法院的范围。
二、个体工商户作为合同主体的特殊性
个体工商户在法律上被视为自然人的一种特殊形态，其民事行为能力与自然人相同。因此，当个体工商户作为合同的一方时，其签订的协议管辖条款同样受到上述法律规定的保护。只要该条款不违反级别管辖和专属管辖的规定，且是双方真实意思的表示，就应当被认定为有效。
三、协议管辖条款的有效性要件
书面形式：协议管辖必须采用书面形式，口头约定是无效的。这有助于确保双方对管辖法院的选择有明确的认知，并减少争议。
与争议有实际联系：选择的管辖法院必须与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地等。这是为了确保管辖法院对案件具有合理的管辖权，便于案件的审理和执行。
不违反级别管辖和专属管辖：协议管辖不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，某些类型的案件可能由特定级别的法院管辖，或者由特定地区的法院专属管辖。在这些情况下，协议管辖将无效。
四、具体到本案例的分析
在本案例中，合同约定在甲方（个体工商户）所在地法院起诉。这一约定符合协议管辖的基本原则，即双方以书面形式选择了与争议有实际联系的地点（甲方所在地）作为管辖法院。同时，只要该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，就应当被认定为有效。
五、可能存在的例外情况
尽管上述分析表明该协议管辖条款在一般情况下是有效的，但仍需注意可能存在的例外情况。例如，如果甲方所在地与合同履行地、合同签订地等均无实际联系，或者该约定明显违反了公平原则（如一方利用优势地位迫使另一方接受不合理的管辖条款），则该条款可能被认定为无效。然而，这些情况需要具体案件具体分析，不能一概而论。
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