结论：公司以超过45周岁不能转正式员工的做法，是否违法需分情况讨论，不能一概而论。

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确年龄限制条款：

   • 法律分析：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若公司规章制度或劳动合同中明确规定了超过45周岁不能转正式员工，且该规定经过了上述民主程序，同时不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该规定在形式上可能是合法的。
   • 但需注意：即使规章制度或劳动合同中有此规定，若该规定存在歧视性，如仅因年龄而限制劳动者的转正权利，可能违反《劳动法》中关于平等就业和反对就业歧视的原则。在此情况下，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认该规定无效。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确年龄限制条款：

   • 法律分析：若公司规章制度或劳动合同中并未明确规定超过45周岁不能转正式员工，而公司仅以此为由拒绝为劳动者转正，则该做法缺乏合法依据。劳动者有权要求公司按照劳动合同或公司规章制度的规定，为其办理转正手续。
   • 建议行动：劳动者可以先与公司进行协商，要求公司说明拒绝转正的具体理由，并出示相关规章制度或劳动合同条款。若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的年龄限制：

   • 法律分析：在某些特殊行业或岗位，如飞行员、高空作业员等，由于工作性质的特殊性，可能存在对年龄的合理限制。但这种限制应当基于工作需要和安全考虑，且应当经过科学论证和合法程序制定。若公司以超过45周岁为由拒绝劳动者转正，且该岗位并不属于特殊行业或岗位，或者该年龄限制缺乏合理性和科学性，则该做法可能违法。
   • 建议：对于此类特殊情况，劳动者可以要求公司出示相关科学论证和合法程序制定的依据，以证明该年龄限制的合理性和合法性。若公司无法提供，劳动者同样有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结与建议：公司以超过45周岁不能转正式员工的做法是否违法，需根据具体情况进行判断。若公司规章制度或劳动合同中有明确且合法的年龄限制条款，且该条款不违反平等就业和反对就业歧视的原则，则该做法可能合法；若缺乏合法依据或存在歧视性，则该做法违法。劳动者在遇到此类情况时，应先与公司进行协商，协商无果后再考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。