结论：针对您提出的“店转让给朋友并写了转让协议，协议中表示钱已付但实际上未付，合同如何作废”的问题，合同并非直接“作废”，而是可以通过法律途径来确认其无效或请求撤销，具体取决于实际情况和法律规定。以下是从不同角度的分析和建议：
一、合同无效的情形
虚假意思表示：
- 如果转让协议中的“钱已付”是双方虚构的，即实际上并未支付转让费用，且这一虚构的意思表示是双方共同为了某种目的（如逃避税费、规避法律限制等）而做出的，那么该协议可能因缺乏真实的意思表示而被认定为无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
违反法律强制性规定：
- 如果转让协议的内容或签订过程违反了法律的强制性规定（如未经批准的转让、违反行业准入规定等），那么该协议也可能被认定为无效。
- 建议：检查转让协议的内容是否违反了相关法律法规的强制性规定，如有违反，可依法主张合同无效。
二、合同可撤销的情形
欺诈：
- 如果朋友在签订转让协议时故意隐瞒了未支付转让费用的事实，或者通过虚构事实、隐瞒真相的方式诱使您签订了协议，那么您可能构成受欺诈方，有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
显失公平：
- 如果转让协议中的条款明显对您不利，且这种不利是在您缺乏经验或处于明显劣势的情况下签订的，那么该协议可能因显失公平而被撤销。但在此案例中，由于主要问题是钱未付，显失公平的情形可能不太适用，除非转让费用与其他条款存在严重不平衡。
三、实际操作建议
收集证据：
- 收集所有与转让协议相关的证据，包括协议文本、聊天记录、转账记录（如有）、证人证言等，以证明朋友未支付转让费用的事实。
协商解决：
- 尝试与朋友进行协商，看是否能够达成一致意见，如修改协议、补充支付转让费用或解除协议等。
法律途径：
- 如果协商无果，您可以向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，请求确认转让协议无效或撤销该协议。在诉讼或仲裁过程中，您需要提供充分的证据来支持您的主张。
注意时效：
- 请注意，请求撤销合同的时效期间为一年，自您知道或应当知道撤销事由之日起计算。因此，请尽快采取行动，以免错过时效期间。
最后，合同并非直接“作废”，而是需要通过法律途径来确认其无效或请求撤销。在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。