结论：老板非法经营，员工是否有罪需根据具体情况判断，主要取决于员工是否明知公司的非法经营活动以及参与程度。
一、员工不构成犯罪的情形
不知情且未参与：
- 如果员工对公司的非法经营活动并不知情，且在正常工作范围内仅履行自己的职责，没有参与非法经营的决策、策划或实施等关键环节，那么员工通常不会构成犯罪，也不会承担刑事责任。
- 举例：比如，生产线上的普通工人，他们只负责按照流程完成生产任务，对公司整体经营是否违法并不了解，这种情况下不应认定员工有罪。
虽知情但未参与实质性非法经营活动：
- 如果员工虽然知晓公司的某些行为可能存在问题，但并未参与实质性的非法经营活动，只是从事一些与非法经营行为没有直接关联的工作（如普通的后勤保障工作），那么员工一般也不构成犯罪。
二、员工构成犯罪的情形
主观明知且积极参与：
- 如果员工明知公司的经营活动是违法的，但仍然积极参与其中，如协助组织交易、招揽客户、提供技术支持或与非法经营直接相关的其他行为，那么员工可能会因为共同参与了非法经营活动而被认定为犯罪。
- 举例：在公司从事非法证券交易活动中，员工如果受雇负责向客户推广相关业务并进行虚假宣传，这种积极的行为就可能会被认定构成非法经营罪的共犯。
在非法经营中起主要作用：
- 即使员工并非完全清楚公司行为的违法性，但如果他们在非法经营活动中担任关键角色，对非法经营的实施、运作起到了重要作用，也可能因此被追究刑事责任。
- 举例：比如，公司的财务人员如果负责管理非法经营所得的资金，进行账目处理以掩盖非法经营行为，那么这些财务人员可能会因为其在非法经营活动中的核心作用而被视为有罪。
三、司法实践中的考量因素
在司法实践中，对于公司非法经营案件中员工是否有罪的认定，法院会综合考虑多方面因素，包括但不限于员工在公司中的具体职位、实际工作内容、主观认知状态（是否明知）、参与程度以及行为对非法经营活动的贡献等。这些因素共同构成了判断员工是否应承担刑事责任的重要依据。
四、法律建议
- 增强法律意识：员工应加强对法律法规的学习，提高法律意识，确保自己的行为符合法律要求，避免卷入非法经营活动。
- 谨慎选择工作：在进入公司前，员工应充分了解公司的业务范围和合法性，确保自己不会因公司的非法经营而卷入法律纠纷。
- 及时采取措施：一旦发现公司存在违法行为，员工应及时采取措施保护自己，如向相关部门举报或寻求法律帮助，避免成为非法经营的“替罪羊”。
综上所述，老板非法经营时，员工是否有罪需根据具体情况判断。员工应时刻保持法律意识，确保自己的行为符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。