结论：在被迫离职申请仲裁后，是选择主动离职还是在职等待，这主要取决于您的具体诉求、证据收集情况以及仲裁可能的结果。以下是从不同角度为您进行的分析：
从维护自身权益角度：
- 在职等待：如果您认为公司存在违法行为（如未支付工资、未缴纳社保等），且您希望继续收集证据以支持您的仲裁请求，同时保留在公司的工作记录作为证据，那么在职等待可能是一个更好的选择。这样，您可以继续在公司工作，同时准备仲裁材料，一旦仲裁结果对您有利，您可以要求公司支付相应的赔偿或补缴社保等。
- 主动离职：然而，如果您已经收集到了足够的证据，且认为继续在公司工作可能会对您造成进一步的伤害或不便（如工作环境恶劣、受到不公正待遇等），那么主动离职可能是一个更合适的选择。但需要注意的是，主动离职可能会影响您获得某些赔偿（如经济补偿金）的资格，具体取决于您离职的原因和当地的法律法规。
从仲裁策略角度：
- 在职等待：在职等待可以给您更多的时间来准备仲裁材料，包括收集证据、撰写仲裁申请书等。同时，您还可以利用在职的身份，与公司进行协商或调解，尝试通过非诉讼方式解决争议。
- 主动离职：如果您已经决定通过仲裁来维护自己的权益，且认为在职等待不会带来额外的益处，那么主动离职可能有助于您更快地进入仲裁程序。但同样需要注意的是，离职后您可能需要自行承担一些费用（如交通费、住宿费等）来参加仲裁活动。
从法律后果角度：
- 在职等待：在职等待期间，您仍然享有作为员工的合法权益，包括工资支付、社保缴纳等。如果公司在这期间违反了相关法律法规，您可以继续向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
- 主动离职：主动离职后，您将失去作为员工的身份，因此可能无法再享受某些与员工身份相关的权益。但如果您能够证明离职是由于公司的违法行为导致的，您仍然有权要求公司支付相应的赔偿。
建议：
- 在做出决定前，建议您先咨询专业的劳动法律师，了解您的具体权益和可能的法律后果。
- 根据您的实际情况和仲裁诉求，权衡在职等待和主动离职的利弊，选择最适合您的策略。
- 无论您选择哪种方式，都请确保收集并保存好所有相关的证据材料，以便在仲裁过程中支持您的诉求。
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