虚开发票上下游并案处理时，是否一起起诉需根据具体案情判断，但司法实践中存在较高并案起诉的可能性。以下从不同角度展开分析：

1. 从刑事诉讼程序角度

根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，共同犯罪案件的被告人原则上应当一并起诉。虚开发票案件中，若上下游企业或个人构成共同犯罪（如存在事前通谋、分工协作等情形），检察机关通常会将上下游作为共同被告一并起诉，以全面查清犯罪事实、固定证据链，并避免分案处理导致的诉讼效率低下或裁判矛盾。

例外情形：若上下游涉案人员过多、案情复杂，或部分嫌疑人未到案，检察机关可能分案起诉，但需在法律文书中说明分案理由，并确保各案证据相互印证。

2. 从证据认定角度

虚开发票案件的核心证据包括发票流、资金流、货物流（“三流一致”）。若上下游案件证据高度关联（如同一批发票、资金回流路径清晰），并案处理有利于：

• 避免证据割裂：防止因分案导致关键证据（如聊天记录、银行转账记录）被孤立审查，影响事实认定；
• 提高审判效率：减少重复举证、质证环节，缩短诉讼周期。

反例：若上下游案件证据独立（如无资金往来、无共同故意证据），则可能分案处理。

3. 从量刑情节角度

并案处理可能影响量刑：

• 共同犯罪中的主从犯认定：若上下游存在主从关系（如一方主导虚开、另一方仅提供帮助），并案审理有助于准确划分责任；
• 自首、立功等情节的认定：若一方在并案后揭发另一方犯罪事实，可能构成立功，需在同一案件中综合评价。

4. 实务中的操作建议

• 对嫌疑人/被告人：若被并案起诉，需重点审查指控的共同犯罪事实是否成立，尤其是是否存在事前通谋、分工协作等证据；
• 对律师：需同步分析上下游案件的证据链，寻找辩护突破口（如证据不足、主观明知存疑等）；
• 对税务机关：若案件涉及行政处罚与刑事追责衔接，需注意并案处理可能影响行政处罚的时效计算（如刑事立案后行政程序中止）。

总结：虚开发票上下游是否并案起诉，需结合共同犯罪构成、证据关联性、诉讼效率等因素综合判断。若您或您的企业涉及此类案件，建议提供具体案情（如发票金额、资金流向、参与人员等），以便进一步分析法律风险及应对策略。