跨省虚开发票的两个案件是否会并案，取决于案件的具体情况以及司法机关的判断。

一. 并案的可能性

1. 司法机关的判断：并案与否主要由负责侦查的公安机关或检察机关根据案件的具体情况来决定。如果两个案件之间存在关联性，如涉及同一犯罪团伙、同一犯罪手法或同一犯罪事实等，那么并案处理是可能的。
2. 法律规定：我国刑事诉讼法并未明确规定跨省虚开发票案件必须并案处理，因此并案与否具有一定的灵活性。

二. 并案处理的影响

1. 提高办案效率：并案处理可以整合侦查资源，避免重复劳动，提高办案效率。
2. 确保判决一致性：如果两个案件涉及相同的法律问题或犯罪事实，并案处理有助于确保判决的一致性和公正性。

三. 不并案处理的情况

1. 案件独立性：如果两个跨省虚开发票案件之间没有明显的关联性，或者各自涉及的犯罪事实、证据等相互独立，那么不并案处理也是合理的。
2. 司法程序要求：在某些情况下，由于司法程序的要求或限制，可能无法将两个案件并案处理。

我的观点：跨省虚开发票的两个案件是否会并案，需要综合考虑案件的具体情况、司法机关的判断以及法律规定等因素。因此，无法一概而论地给出是否并案的明确答案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。