虚开发票上游已经判完，异地下游的处理问题，通常由下游所在地的税务机关或司法机关负责处理。以下从不同角度进行详细分析：
税务机关的处理：
- 税务稽查：下游所在地的税务机关在接到相关线索或举报后，会对下游企业或个人进行税务稽查，核实其是否存在虚开发票的行为。
- 税务处罚：如果下游企业或个人确实存在虚开发票的行为，税务机关将依据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，对其进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
- 移送司法机关：对于涉嫌犯罪的虚开发票行为，税务机关将依法将案件移送至下游所在地的司法机关进行进一步处理。
司法机关的处理：
- 刑事立案：下游所在地的公安机关在接到税务机关移送的案件或自行发现的线索后，会对涉嫌虚开发票的犯罪行为进行刑事立案侦查。
- 刑事审判：经过侦查后，如果证据确凿，公安机关将依法将案件移送至检察机关审查起诉。检察机关审查后，如果认为构成犯罪，将向法院提起公诉。法院将依法进行审判，对犯罪嫌疑人或被告人进行定罪量刑。
- 跨区域协作：在处理异地下游虚开发票案件时，下游所在地的司法机关可能会与上游所在地的司法机关进行跨区域协作，共同打击虚开发票的犯罪行为。
处理过程中的注意事项：
- 证据收集：无论是税务机关还是司法机关，在处理虚开发票案件时，都需要注重证据的收集和保存。证据是认定案件事实的基础，也是对犯罪嫌疑人或被告人进行定罪量刑的依据。
- 法律适用：在处理虚开发票案件时，需要准确适用相关法律法规。不同地区的法律法规可能存在差异，因此需要根据案件的具体情况和所在地的法律法规进行准确适用。
- 程序合法：在处理虚开发票案件时，需要严格遵守法定程序。无论是税务稽查、税务处罚还是刑事立案、刑事审判，都需要按照法定程序进行，确保案件的公正处理。
建议：如果您或您的企业涉及虚开发票的问题，建议立即停止相关行为，并主动向税务机关或司法机关说明情况，配合调查和处理。同时，也可以咨询专业律师，了解相关法律法规和程序，以便更好地维护自己的合法权益。如果您有任何关于经济纠纷或民间借贷方面的法律问题，也可以直接向我咨询。