结论前置：合同中约定基本工资基数后再将其中部分作为绩效，这一做法本身并不违法，但关键在于这种约定是否符合法律法规的强制性规定以及劳动合同的公平合理原则。以下从不同角度进行详细分析：
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同应当明确约定工资支付标准、支付时间等关键条款。其中，工资支付标准通常应包括基本工资和可能的绩效工资等组成部分。
- 只要劳动合同中明确约定了基本工资和绩效工资的构成，且这种约定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这种约定就是合法的。
劳动合同的公平合理原则：
- 劳动合同的签订应当遵循公平、合理、自愿的原则。如果用人单位将基本工资的大部分或全部设定为绩效工资，而绩效工资的发放又受到用人单位主观评价或难以达到的标准限制，那么这种约定可能被视为不公平、不合理，从而引发劳动争议。
- 在这种情况下，劳动者有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院申请调解、仲裁或提起诉讼，要求用人单位按照劳动合同的约定支付工资。
实际操作中的注意事项：
- 用人单位在设定绩效工资时，应当确保绩效标准的明确性、可衡量性和可达性，避免主观评价或难以达到的标准导致劳动者权益受损。
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的约定，确保自己的权益得到充分保障。如果发现合同中存在不公平、不合理的条款，应当及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
可能的法律后果：
- 如果用人单位违反法律法规的强制性规定或劳动合同的公平合理原则，将基本工资的大部分或全部设定为绩效工资，并因此拒绝支付劳动者应得的工资，那么用人单位可能面临劳动争议调解仲裁机构或人民法院的裁决，要求支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
建议：为了避免劳动争议的发生，用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应当充分协商、明确约定工资支付标准、支付时间等关键条款，并确保这些条款符合法律法规的强制性规定和劳动合同的公平合理原则。如果双方对合同条款存在争议或疑问，可以寻求专业律师的帮助进行解释和协商。
进一步思考：在实际操作中，绩效工资的设定和发放往往与用人单位的绩效考核制度密切相关。因此，用人单位在制定绩效考核制度时，也应当确保制度的公平性、合理性和透明度，避免因为制度的不完善或执行的不当而引发劳动争议。同时，劳动者也应当积极了解用人单位的绩效考核制度，以便更好地维护自己的权益。