公司不追究员工犯罪时，处理方式需结合具体情形，通常可分以下两种情况处理：

1. 公司作为受害方放弃追究刑事责任
   若员工犯罪行为直接侵害公司权益（如职务侵占、挪用资金、侵犯商业秘密等），公司作为被害人可通过以下方式处理：

   • 刑事报案权：公司有权向公安机关报案，启动刑事追诉程序。若公司明确表示不追究，公安机关可能因缺乏被害人控告而暂缓立案，但需注意：
     
     • 公安机关若认为存在社会危害性，仍可依职权主动立案（如涉及公共利益或重大损失）；
       
     • 根据《刑事诉讼法》第112条，被害人报案是立案常见情形，但非唯一条件。
       
   • 民事赔偿优先：公司可单独提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。刑事责任与民事责任独立，公司放弃刑事追责不影响民事索赔权。
     
   • 内部处理：公司可依据规章制度对员工进行处分（如解除劳动合同），但需确保程序合法（如经工会程序、符合劳动合同约定）。

2. 员工犯罪行为未直接侵害公司权益
   若员工犯罪涉及第三方（如员工诈骗客户、盗窃他人财物等），公司虽非直接受害方，但仍需采取以下措施：

   • 配合司法机关调查：公司有义务协助公安机关提供证据（如监控录像、交易记录等），但无强制要求必须追究员工责任；
     
   • 内部合规审查：若犯罪暴露公司管理漏洞（如财务制度缺陷、权限过度集中），需及时整改以规避连带责任；
     
   • 劳动合同处理：根据《劳动合同法》第39条，员工被依法追究刑事责任的，公司可解除劳动合同且无需支付补偿金。但需注意：
     
     • “被追究刑事责任”以法院生效判决为准，仅刑事拘留或逮捕不构成解除条件；
       
     • 若公司未追究但司法机关已立案，需持续关注案件进展，避免因未及时处理引发劳动争议。

风险提示：

• 公司若明知员工犯罪却包庇、隐瞒，可能构成《刑法》第310条的窝藏、包庇罪，或面临行政处罚；
  
• 若员工行为涉嫌单位犯罪（如公司集体实施走私、污染环境等），公司直接负责的主管人员和其他责任人员可能被追责。
  

建议行动：

1. 立即评估犯罪行为是否涉及公司利益或管理责任；
   
2. 咨询律师制定策略，平衡刑事风险、民事赔偿与劳动合规；
   
3. 完善内部合规制度，预防类似事件再次发生。
   

如有进一步细节需分析，可直接向我咨询。