结论：在合同关系中，若与其中一个被告有仲裁条款，而与另一个被告没有仲裁条款，一般情况下，不能直接将所有被告在法院一并起诉，但存在例外情况。以下从不同角度进行分析：
一、仲裁条款的独立性及效力
仲裁条款具有独立性，即仲裁条款的效力独立于主合同。根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果与某一被告之间存在有效的仲裁条款，那么针对该被告的争议应当通过仲裁方式解决，而不能直接向法院起诉。
二、与不同被告的纠纷处理方式
与有仲裁条款的被告：
- 针对与有仲裁条款的被告之间的争议，应当按照仲裁条款的约定，向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 如果试图在法院起诉该被告，法院将依据仲裁条款裁定不予受理或驳回起诉。
与没有仲裁条款的被告：
- 针对与没有仲裁条款的被告之间的争议，可以直接向法院起诉。
- 法院将依据民事诉讼法的相关规定，对案件进行审理并作出判决。
三、例外情况：能否一并起诉
虽然一般情况下不能直接将所有被告在法院一并起诉，但存在以下例外情况时，可能可以考虑一并起诉：
仲裁条款无效或被撤销：
- 如果仲裁条款因违反法律规定或存在其他无效情形而被认定无效，或者被仲裁机构或法院撤销，那么针对该被告的争议就可以直接向法院起诉。
- 在此情况下，由于仲裁条款已失去效力，因此不存在仲裁与诉讼的冲突问题。
被告之间存在紧密的法律关系：
- 如果两个被告之间存在紧密的法律关系，如共同侵权、连带责任等，且这种关系使得将两个被告一并起诉更有利于查明事实、分清责任，那么在某些特殊情况下，法院可能会考虑受理此类案件。
- 但这种情况较为罕见，且需要法院根据具体案情进行裁量。
当事人达成新的协议：
- 如果当事人之间就争议解决方式达成了新的协议，且该协议不违反法律规定，那么可以按照新的协议解决争议。
- 例如，当事人可以协商一致取消原有的仲裁条款，并约定通过诉讼方式解决争议。
四、法律建议
审查仲裁条款的效力：
- 在起诉前，应仔细审查与各被告之间的仲裁条款，确认其是否有效、是否可执行。
- 如果发现仲裁条款存在无效情形或已被撤销，应及时采取相应措施。
考虑分开起诉或仲裁：
- 如果与不同被告之间的争议无法一并解决，应考虑分别向仲裁机构申请仲裁或向法院起诉。
- 在分开处理时，应注意保留相关证据和文件，以便在后续程序中使用。
咨询专业律师：
- 由于仲裁与诉讼的冲突问题较为复杂，且涉及法律程序的多个方面，因此建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 律师可以根据具体案情和法律规定，为当事人提供针对性的法律策略和解决方案。
最后，在处理涉及仲裁条款的合同纠纷时，应谨慎对待仲裁与诉讼的冲突问题。如果遇到复杂情况或不确定如何处理时，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。