当两个被告中一个有仲裁条款时，原告应分别根据仲裁条款和诉讼程序来处理与两个被告的纠纷。具体来说：

1. 有仲裁条款的被告：

   • 仲裁条款的效力：仲裁条款是双方自愿达成的，将特定争议提交给仲裁机构进行裁决的协议。一旦仲裁条款成立且有效，它便排除了法院对该部分争议的管辖权。
   • 处理方式：因此，对于有仲裁条款的被告，原告需要按照仲裁条款的规定，向约定的仲裁机构申请仲裁，而不能直接向法院提起诉讼。
   • 特殊情况：如果仲裁条款存在无效情形（如条款不明确、违反法律强制性规定等），则可能影响其适用，此时原告可考虑向法院起诉。但这种情况需要具体分析仲裁条款的内容和法律规定。

2. 没有仲裁条款的被告：

   • 诉讼程序的适用：对于没有仲裁条款的被告，原告可以正常地向有管辖权的法院提起诉讼。法院将根据民事诉讼法的规定，审理并裁判相关纠纷。
   • 管辖权的确定：在确定管辖法院时，原告需要考虑被告的住所地、合同履行地等因素，以确保法院对案件具有管辖权。

3. 实际操作中的协调：

   • 分别处置：在实际操作中，由于仲裁和诉讼是互斥的纠纷解决方式，因此有仲裁条款的被告将进入仲裁流程，而没有仲裁条款的被告将进入诉讼流程。这通常会导致分别处置的情形。
   • 法院与仲裁机构的协调：在涉及多个被告且部分被告有仲裁条款的情况下，法院与仲裁机构可能会在管辖权等问题上存在协调。例如，法院可能会根据案件具体情况，判断是否需要等待仲裁结果，或者与仲裁机构沟通案件相关事宜。

法律建议：

• 在处理此类纠纷时，原告应仔细审查与各个被告之间的协议，明确是否存在仲裁条款以及条款的具体内容。
• 对于有仲裁条款的被告，原告应按照条款规定申请仲裁；对于没有仲裁条款的被告，原告可以向有管辖权的法院提起诉讼。
• 如果案件情况复杂或存在不确定性，原告可以考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

可能的法律后果：

• 如果原告错误地向有仲裁条款的被告提起诉讼，法院可能会以缺乏管辖权为由驳回起诉。
• 如果原告未能及时向没有仲裁条款的被告提起诉讼，可能会面临诉讼时效过期等风险。

因此，在处理涉及多个被告且部分被告有仲裁条款的纠纷时，原告需要谨慎行事，确保按照法律规定和协议约定来选择合适的纠纷解决方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。