当工厂查出有员工患有职业病时，这是一个需要严肃对待并依法处理的问题。以下是根据相关法律法规和规定，为您详细梳理的处理流程和建议：
一、职业病诊断与确认
申请诊断：员工应首先前往当地有资质的职业病诊断机构进行申请，进行职业病的诊断或鉴定。这是确认是否患有职业病的关键步骤。
获取诊断证明：一旦被确诊患有职业病，职业病诊断机构会发给员工《职业病诊断证明书》。这份证明书是享受后续待遇和权益的重要依据。
二、享受工伤保险待遇或职业病待遇
根据《职业病范围和职业病患者处理办法的规定》以及《中华人民共和国职业病防治法》的相关规定，员工在确诊职业病后，有权享受国家规定的工伤保险待遇或职业病待遇。这包括但不限于医疗费用报销、康复费用、定期检查费用以及可能的伤残补助等。
三、单位安排与安置
医疗与疗养：单位应根据职业病诊断机构的意见，安排员工进行医治或疗养。这是确保员工健康恢复的重要措施。
调离原岗位：在医疗或疗养后，如果员工被确认不宜继续从事原有害作业或工作，单位应在确认之日起的两个月内将其调离原工作岗位，并另行安排合适的工作。对于因工作需要暂不能调离的生产、工作的技术骨干，调离期限最长也不得超过半年。
岗位津贴：对于从事接触职业病危害的作业的劳动者，单位应当给予适当的岗位津贴，以补偿其可能面临的健康风险。
四、健康档案与后续责任
建立健康档案：单位必须为员工建立健康档案，记录其职业健康检查结果和职业病诊断情况。这是跟踪员工健康状况、预防职业病发生的重要手段。
变动工作单位时的健康检查：如果员工变动工作单位，事先须经当地职业病防治机构进行健康检查，其检查材料应装入健康档案。这是确保新单位了解员工健康状况、避免职业病纠纷的重要措施。
后续责任：如果员工在终止或解除劳动合同后，在待业期间新发现的职业病与上一个劳动合同期工作有关，其职业病待遇应由原终止或解除劳动合同的单位负责。如果原单位已与其他单位合并或撤销，则由合并后的单位或原单位的上级主管机关负责。
五、工会监督与维权
各级工会组织有权监督检查患职业病的职工有关待遇的处理情况。如果单位不按国家规定处理，损害职工合法权益，工会应出面进行交涉，甚至代表职工本人向法院起诉，以维护职工的合法权益。
综上所述，当工厂查出有员工患有职业病时，应严格按照相关法律法规和规定进行处理，确保员工的合法权益得到保障。同时，单位也应加强职业病防治工作，预防职业病的发生，保护员工的健康。