若工伤赔偿协议签订后，用人单位未按协议全部支付赔偿款，您可以通过以下司法程序追讨剩余部分：

1. 协商与催告
   在启动司法程序前，建议先与用人单位再次协商，明确剩余款项的支付时间，并保留书面催告记录（如短信、邮件、律师函等）。若用人单位仍拒绝支付，可进入下一步。

2. 申请劳动仲裁
   根据《劳动争议调解仲裁法》，工伤赔偿纠纷属于劳动仲裁范围。您需准备以下材料：

   • 工伤赔偿协议原件及复印件；
     
   • 用人单位未支付剩余款项的证据（如银行转账记录、催告记录等）；
     
   • 工伤认定书、劳动能力鉴定结论等（若协议中涉及工伤待遇计算依据）；
     
   • 仲裁申请书（明确仲裁请求、事实与理由）。
     仲裁委员会受理后，会组织调解或开庭审理。若仲裁裁决支持您的请求，用人单位需在规定期限内履行；逾期不履行，可申请法院强制执行。

3. 直接向法院起诉
   若仲裁不予受理或您对仲裁结果不服，可在收到裁决书后15日内向法院提起诉讼。需注意：

   • 若协议中明确约定“双方放弃仲裁权利，直接向法院起诉”，则可直接起诉；
     
   • 起诉时需提交与仲裁相同的证据材料，并附上仲裁申请书（若已申请仲裁）或说明未申请仲裁的原因。
     法院审理后，若判决支持您的请求，用人单位仍不履行的，可申请强制执行。

4. 申请强制执行
   无论通过仲裁还是诉讼获得生效文书（裁决书或判决书），若用人单位未主动履行，您均可向法院申请强制执行。法院可采取查封、扣押、冻结财产等措施，迫使用人单位支付剩余款项。

关键提醒：

• 工伤赔偿协议需合法有效（如双方自愿、内容不违反法律强制性规定），否则可能被撤销或认定无效；
  
• 追讨时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算；
  
• 证据保留：务必保存好协议、催告记录、工伤认定材料等，避免因证据不足导致败诉。
  

若您在操作过程中遇到具体问题（如协议效力争议、用人单位拒不配合等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细指导。