结论前置：农民工年底仅按百分之三十发放工资而不予结清的做法，通常是违法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位有义务按时足额支付劳动者的工资，包括农民工的工资。年底仅支付部分工资（如百分之三十）而拖欠剩余部分，显然违反了这一规定。
二、法律后果
行政处罚：用人单位若存在拖欠工资的行为，劳动行政部门有权责令其限期支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。对于拒不支付的用人单位，还可能面临更严厉的行政处罚。
民事责任：农民工有权向用人单位提起民事诉讼，要求支付拖欠的工资及相应的利息或损失赔偿。在诉讼过程中，农民工需要提供充分的证据证明用人单位存在拖欠工资的行为。
刑事责任：在极端情况下，如果用人单位以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成拒不支付劳动报酬罪，依法应承担刑事责任。
三、实际操作建议
收集证据：农民工在遭遇拖欠工资时，应首先收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等，以证明自己与用人单位存在劳动关系及用人单位拖欠工资的事实。
协商解决：在收集到足够证据后，农民工可以尝试与用人单位进行协商，要求其按时足额支付工资。协商过程中，可以明确提出自己的诉求和依据，并保留好协商记录。
投诉举报：如果协商无果，农民工可以向当地劳动行政部门投诉举报用人单位的违法行为。劳动行政部门在接到投诉后，会依法进行调查处理，并保障农民工的合法权益。
法律途径：在投诉举报无果或用人单位拒不改正的情况下，农民工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下年底仅支付部分工资是违法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果农民工与用人单位在劳动合同中明确约定了年底支付部分工资作为奖金或绩效工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法可能是合法的。但即便如此，用人单位也应确保在年底前支付完所有应支付的工资和奖金，不得无故拖欠。
总结与建议：农民工年底仅按百分之三十发放工资而不予结清的做法通常是违法的。在遭遇此类情况时，农民工应积极收集证据、与用人单位协商、投诉举报或通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。