您好，关于您提出的“个体户三个月以上开发票是否合法”的问题，这实际上涉及到的是发票开具的合规性问题，而非单纯的时间限制。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，个体工商户在发生真实的经营业务后，是可以按照规定开具发票的，且开具发票的时间并没有严格的三个月以上的限制。关键在于，发票的开具必须基于真实的交易背景，即个体工商户确实提供了商品或服务，并且客户有支付相应款项的行为。
接下来，我们根据相关法律法规来进一步分析：
发票开具的基本原则：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，任何单位和个人在销售商品、提供服务以及从事其他经营活动收取款项时，都应当向付款方开具发票。
- 发票的开具必须真实、准确、完整，不得虚开、代开或开具与实际经营业务不符的发票。
个体工商户的发票开具：
- 个体工商户作为经营主体，在发生经营业务后，有权也有义务向客户开具发票。
- 发票的开具时间并不受“三个月以上”的限制，而是应根据实际交易情况来确定。只要交易真实发生，且符合发票开具的条件，个体工商户就可以随时开具发票。
合规性要求：
- 个体工商户在开具发票时，必须确保发票的内容与实际交易相符，包括商品或服务的名称、数量、单价、金额等。
- 不得为了逃避税收或其他非法目的而虚开发票或开具与实际交易不符的发票。
特殊情况的处理：
- 如果个体工商户在一段时间内（如三个月）内发生了多笔交易，且每笔交易都符合发票开具的条件，那么它可以在这些交易发生后分别开具发票，也可以在一段时间后集中开具（但需注意发票的开具时限，一般应在交易发生后的一定时间内开具，具体时限可能因地区或政策而异）。
- 然而，如果个体工商户试图通过延迟开具发票来逃避税收或进行其他非法活动，那么这种行为是违法的，并可能受到税务机关的处罚。
综上所述，个体工商户在发生真实的经营业务后，可以按照规定开具发票，且开具发票的时间并不受“三个月以上”的限制。关键在于确保发票的开具真实、准确、完整，并符合相关法律法规的要求。如果您在发票开具过程中遇到任何问题或疑虑，建议咨询当地税务机关或专业税务人士以获取更具体的指导和帮助。