关于您提到的老板故意扣提成并签订了不公平协议的问题，该协议是否有效，需要分情况讨论：
协议内容显失公平的情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果协议的内容明显违反公平原则，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 在您的情况下，如果老板故意扣提成，并利用您可能处于的不利地位（如急需工资、对法律不了解等），迫使您签订了明显不公平的协议，那么这份协议在法律上可能是可撤销的。
协议存在欺诈、胁迫的情况：
- 如果老板在签订协议过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致您在违背真实意思的情况下签订了协议，那么根据《民法典》的规定，您也有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。
- 欺诈通常指的是故意告知对方虚假情况，或者故意隐瞒真实情况，诱使对方作出错误意思表示的行为。胁迫则是指以给对方及其亲友的生命健康、荣誉、名誉、财产等造成损害为要挟，迫使对方作出违背真实的意思表示的行为。
协议内容合法且双方自愿签订的情况：
- 如果协议的内容并不违反法律法规的强制性规定，且双方是在平等、自愿的基础上签订的，没有欺诈、胁迫等情形，那么这份协议在法律上通常是有效的。
- 但即便如此，如果协议中关于提成的条款与之前的约定或行业惯例存在显著差异，且您没有充分理解或同意这种差异，您仍然可以尝试与老板协商修改协议或寻求其他法律救济途径。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 收集证据：首先，您需要收集所有与提成和协议相关的证据，包括之前的劳动合同、提成制度、与老板的沟通记录、协议文本等。这些证据将有助于您证明老板故意扣提成和协议的不公平性。
- 咨询专业律师：虽然我可以为您提供一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您咨询一位专业律师，以便更详细地了解您的权利和可能的法律救济途径。
- 考虑法律行动：如果证据充分且律师认为您有胜诉的可能，您可以考虑向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求撤销不公平的协议或追回被扣的提成。
最后，我想强调的是，法律是维护公平正义的工具。如果您认为自己的权益受到了侵害，不要害怕寻求法律帮助。 有问题可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律支持。