协议中扣一半工资的条款通常是无效的。下面我将从不同角度为您详细分析这个问题：

一、法律原则角度

根据《劳动合同法》及相关法律法规，劳动者的工资是其劳动的对价，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为，都是违法的。因此，如果协议中约定扣一半工资，这明显违反了法律关于工资支付的规定，该条款应当被认定为无效。

二、协议内容合法性角度

一份有效的协议，其内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。扣一半工资的条款，显然违反了法律关于工资支付的规定，因此，从协议内容合法性的角度来看，该条款也是无效的。

三、实际操作与后果角度

1. 如果用人单位实际执行了扣一半工资的条款：

   • 劳动者有权要求用人单位补发被扣的工资，并可以依据《劳动合同法》的相关规定，向劳动行政部门投诉，或者依法申请仲裁、提起诉讼，维护自己的合法权益。
   • 用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。

2. 如果协议中扣一半工资的条款未被执行：

   • 尽管该条款未被执行，但它仍然存在于协议中，对劳动者和用人单位都构成了一种潜在的威胁。劳动者可能会因此感到不安，担心自己的权益受到侵害；而用人单位则可能面临法律风险，一旦该条款被执行或引发争议，将可能面临法律制裁。

四、建议与措施

1. 对于劳动者：

   • 如果发现协议中有扣一半工资的条款，应当及时与用人单位沟通，要求修改或删除该条款。
   • 如果用人单位拒绝修改或删除，劳动者可以向劳动行政部门投诉，或者依法申请仲裁、提起诉讼，维护自己的合法权益。

2. 对于用人单位：

   • 应当遵守法律法规，不得在协议中约定违法的内容，如扣一半工资等。
   • 如果已经签订了包含违法条款的协议，应当及时与劳动者协商修改或删除该条款，以避免法律风险。

总结来说，协议中扣一半工资的条款是无效的，因为它违反了法律关于工资支付的规定。无论是劳动者还是用人单位，都应当遵守法律法规，不得在协议中约定违法的内容。如果您在劳动工伤方面还有其他问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。