结论前置：针对您“辞职扣了一半的钱，签了同意协议怎么办”的问题，这需要分情况讨论，关键在于判断该协议是否合法有效以及公司扣款是否有合理依据。以下为您详细分析：
一、协议合法有效且扣款有合理依据的情况
- 协议内容合法：如果您签署的同意协议是在平等、自愿、协商一致的基础上达成的，协议内容不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议是合法有效的。例如，协议中明确约定了因您个人原因给公司造成了一定经济损失，公司有权从您的工资中扣除相应金额作为赔偿，且扣除的金额在合理范围内（一般不超过您当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准）。
- 公司扣款有合理事由：公司扣款需要有合理的事由，比如您在工作期间存在严重失职、营私舞弊等行为，给公司造成了经济损失；或者您违反了公司的规章制度，且该规章制度是经过民主程序制定并公示过的，公司依据规章制度对您进行扣款。在这种情况下，即使您签署了同意协议，公司扣款也是合法的。
建议：如果您认为公司扣款虽然有协议依据，但扣款金额过高或者存在不合理之处，您可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣款的具体原因和依据，并尝试协商调整扣款金额。如果协商无果，您可以考虑通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
二、协议存在瑕疵或扣款无合理依据的情况
- 协议存在瑕疵：如果您签署的同意协议存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致您在违背真实意思的情况下签署了协议，那么该协议是可撤销的。例如，公司以不发放离职证明、扣押个人物品等手段胁迫您签署同意扣款的协议。
- 公司扣款无合理事由：如果公司扣款没有合理的事由，比如公司无法证明您存在给公司造成经济损失的行为，或者公司扣款的金额超过了法律法规规定的上限，那么公司的扣款行为是违法的。
法律后果及建议：
- 法律后果：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，公司违法扣款，您有权要求公司返还被扣的工资，并可以要求公司支付相应的经济补偿。如果因公司违法扣款给您造成了其他损失，您还可以要求公司承担赔偿责任。
- 建议：在这种情况下，您可以先收集相关证据，如工资条、银行流水、同意协议、与公司沟通的记录等，以证明公司存在违法扣款的行为。然后，您可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行调查处理；或者您也可以直接向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
额外提醒：在处理此类问题时，您需要注意保留好相关证据，以便在需要时能够证明自己的主张。同时，您也可以咨询专业的劳动法律人士，获取更具体的法律建议和帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。