核心前提：用户已提交离职申请，但同时与公司签订了涉及补偿金的协议，现对补偿金的处理存在疑问。
结论前置：
- 若协议合法有效且已履行：补偿金应按协议约定处理，用户无权单方面变更或要求额外补偿。
- 若协议存在瑕疵或未履行：用户可通过协商、投诉或诉讼途径主张权利，具体需结合协议条款及实际情况分析。
详细分析：
协议合法有效且已履行的情况
若用户与公司签订的补偿金协议系双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方已按协议履行（如公司已支付补偿金，用户已办理离职手续），则该协议对双方具有法律约束力。
- 用户义务：不得单方面要求变更或撤销协议，除非存在法定情形（如欺诈、胁迫、显失公平等）。
- 公司义务：需按协议约定支付补偿金，否则用户可要求其履行或承担违约责任。
- 建议：若用户对补偿金金额或支付方式无异议，应按协议执行；若有异议，需通过合法途径解决，而非擅自拒绝履行。
协议存在瑕疵或未履行的情况
若协议存在以下问题，用户可主张权利：
- 协议无效情形：如公司以欺诈、胁迫手段迫使用户签订，或协议内容违反法律强制性规定（如补偿金低于法定标准）。
- 协议未履行：如公司未按约定支付补偿金，或用户未收到应得款项。
- 显失公平：如补偿金金额明显低于用户应得权益（如未考虑工龄、职位等因素）。
- 建议：
- 协商：优先与公司沟通，明确补偿金计算依据及支付时间。
- 投诉：向当地劳动监察部门投诉，要求公司履行协议或重新协商。
- 诉讼：若协商、投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院起诉，要求公司支付补偿金及可能产生的违约金。
补充说明：
- 补偿金法定标准：根据《劳动合同法》，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。若协议约定的补偿金低于法定标准，用户有权要求补足。
- 协议效力审查：用户需保留协议原件及相关证据（如签订时的录音、录像、聊天记录等），以便在争议中证明协议内容及签订过程。
- 时效限制：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自用户知道或应当知道权利被侵害之日起计算。用户需及时主张权利，避免超过时效。
总结：用户需根据协议的合法性、履行情况及自身权益受损程度，选择合适的维权途径。若对协议内容或补偿金金额有疑问，建议直接向我咨询，我将结合具体案情提供法律意见。