公司选择收取履约保证金而非履约保函，主要基于资金流动性、操作便捷性、风险控制及成本考量等多方面的因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 资金流动性与直接控制：

   • 履约保证金：通常以现金或银行转账形式直接支付给公司，公司可以立即获得并自由支配这笔资金（尽管在合同履行完毕或特定条件下需退还）。这种即时性和直接性对于公司的资金流动性管理至关重要，尤其是在需要快速响应市场变化或进行短期资金调配时。
   • 履约保函：则是由银行或担保机构出具的一种书面保证，承诺在承包商不履行合同义务时，由银行或担保机构承担支付责任。虽然保函同样具有担保作用，但公司并不能直接控制保函项下的资金，而是需要依赖银行或担保机构的支付流程，这在资金流动性上可能不如保证金直接。

2. 操作便捷性与成本：

   • 履约保证金：收取流程相对简单，只需双方协商一致并完成资金转账即可。对于公司而言，这减少了与银行或担保机构沟通、审核保函条款等繁琐步骤，降低了操作成本。
   • 履约保函：则需要公司向银行或担保机构申请，并提交一系列文件以证明其信用状况和履约能力。这一过程不仅耗时较长，还可能涉及额外的费用（如保函手续费、担保费等），增加了公司的运营成本。

3. 风险控制与信任度：

   • 履约保证金：在一定程度上反映了承包商的财务实力和履约诚意。公司可以通过观察承包商是否愿意支付较大数额的保证金来评估其履约风险。对于公司而言，直接掌握保证金也提供了更直接的风险控制手段。
   • 履约保函：虽然同样具有担保作用，但公司的风险控制更多依赖于银行或担保机构的信用和支付能力。如果银行或担保机构出现信用问题或支付延迟，公司可能面临一定的风险。此外，对于某些信用状况不佳或新成立的承包商，公司可能对其提供的保函持谨慎态度。

4. 合同条款与谈判地位：

   • 在合同谈判过程中，公司的谈判地位也可能影响其选择收取保证金还是保函。如果公司处于强势地位，它可能更倾向于要求承包商支付保证金以体现其履约诚意和财务实力。反之，如果承包商处于强势地位或双方地位相对均衡，公司可能更倾向于接受保函以降低自身的资金压力和风险。

总结与建议：

公司选择收取履约保证金而非履约保函是出于资金流动性、操作便捷性、风险控制及成本考量等多方面的因素。在实际操作中，公司应根据自身的资金状况、风险承受能力、合同条款以及谈判地位等因素综合考虑选择哪种担保方式。如果公司对资金流动性有较高要求、希望降低操作成本并直接控制风险，那么收取履约保证金可能更为合适；反之，如果公司更看重担保的可靠性和第三方机构的信用背书，那么接受履约保函可能更为稳妥。

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