公司收取履约保证金在符合法律规定和合同约定的情况下是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律背景与依据
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》的相关规定，合同双方当事人可以约定一方在合同履行前向对方给付一定数额的金钱作为担保，即保证金。这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，因此是有效的。
- 保证金的具体数额、支付方式、返还条件等，应由合同双方当事人在合同中明确约定。只要这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且不损害国家、集体或第三人的利益，就是合法有效的。
行业惯例与交易习惯：
- 在某些行业或交易中，收取履约保证金是一种常见的做法。这种做法有助于确保合同的顺利履行，降低违约风险。只要这种做法不违反法律、行政法规的强制性规定，且被行业或交易双方所接受，就可以视为合法。
二、合法性的具体判断标准
合同双方的真实意思表示：
- 公司收取履约保证金必须基于合同双方的真实意思表示。如果一方在签订合同时被欺诈、胁迫或存在重大误解，导致对保证金的约定不是其真实意愿，那么该约定可能被认定为无效。
不违反法律、行政法规的强制性规定：
- 保证金的约定必须遵守法律、行政法规的强制性规定。例如，保证金的数额不得超过法定限额（如有），支付方式不得违反金融管理规定等。
不损害国家、集体或第三人的利益：
- 保证金的约定不得损害国家、集体或第三人的利益。如果保证金的收取导致合同双方或其他相关方的利益受到不公平的损害，那么该约定可能被认定为无效或可撤销。
三、实际操作中的注意事项
明确约定保证金的条款：
- 在合同中应明确约定保证金的数额、支付方式、返还条件等关键条款。这些条款应具体、明确，避免产生歧义或争议。
保留相关证据：
- 公司应保留与保证金相关的所有证据，如支付凭证、合同文本、沟通记录等。这些证据在发生争议时将起到至关重要的作用。
及时返还保证金：
- 如果合同顺利履行完毕，且没有发生违约情况，公司应及时返还保证金给对方。如果因对方违约而扣除保证金，公司也应提供充分的证据和理由，并按照合同约定的程序进行操作。
四、可能存在的法律风险与防范
保证金被认定为无效的风险：
- 如果保证金的约定违反法律、行政法规的强制性规定或损害国家、集体或第三人的利益，那么该约定可能被认定为无效。为防范这种风险，公司应在签订合同前仔细审查保证金的条款，确保其合法性和合规性。
保证金返还纠纷的风险：
- 在合同履行过程中或履行完毕后，可能因保证金的返还问题产生纠纷。为防范这种风险，公司应在合同中明确约定保证金的返还条件和程序，并在实际操作中严格按照约定执行。
建议：公司在收取履约保证金时，应确保合同条款的合法性和合规性，明确约定保证金的数额、支付方式、返还条件等关键条款，并保留相关证据以防范潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。