结论：在工作中遭受恶意安排和不公平待遇导致员工离职，即使没有签署“自由离职”相关文件，员工依然有可能申请劳动仲裁并主张相应权益。
分析说明：
恶意安排和不公平待遇的法律定性：
- 恶意安排和不公平待遇可能构成用人单位违反劳动法律法规的行为，如违反《劳动法》中关于公平、公正对待劳动者的原则，以及《劳动合同法》中关于用人单位义务的规定。
- 若这些行为导致员工被迫离职，员工有权主张用人单位承担相应的法律责任。
离职文件的签署与权益主张：
- 员工离职时是否签署“自由离职”或其他相关文件，并不影响其主张因用人单位违法行为而遭受的损失。
- 离职文件的签署可能涉及离职原因、经济补偿等条款，但若员工能证明离职是由于用人单位的恶意安排和不公平待遇所致，则这些文件不应成为阻碍其主张权益的障碍。
劳动仲裁的申请与权益主张：
- 员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，主张用人单位因恶意安排和不公平待遇而应承担的责任，如支付经济补偿、赔偿金等。
- 在申请仲裁时，员工需要提供相关证据，如工作记录、同事证言、用人单位的规章制度等，以证明用人单位存在违法行为且该行为与员工离职之间存在因果关系。
法律建议：
- 收集证据：员工应尽可能收集与恶意安排和不公平待遇相关的证据，包括工作记录、邮件、短信、同事证言等，以证明用人单位的违法行为。
- 咨询专业律师：在申请劳动仲裁前，员工可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果，以及如何准备仲裁申请和证据材料。
- 提交仲裁申请：员工应按照劳动仲裁机构的要求提交仲裁申请，并附上相关证据材料。在仲裁过程中，员工应积极配合仲裁机构的工作，如实陈述事实，提供证据。
后续行动与可能后果：
- 若劳动仲裁机构认定用人单位存在违法行为，并裁决用人单位承担相应责任，员工有权要求用人单位履行裁决，支付经济补偿、赔偿金等。
- 若用人单位不履行裁决，员工可以向人民法院申请强制执行。
- 若劳动仲裁机构未认定用人单位存在违法行为，或裁决结果不符合员工预期，员工可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，继续主张自己的权益。
在工作中遭受恶意安排和不公平待遇是严重的违法行为，员工应勇敢站出来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。