结论：政府先未认定老房屋为违建且规划后要求自行重建，再对重建房屋认定违建，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，但在一般情况下，若政府行为缺乏合法依据或程序不当，则可能构成违法。以下从多个角度进行分析：
一、政府行为的合法性基础
规划许可的效力：
- 政府规划部门对老房屋的重建进行规划许可时，应明确规划条件、建设要求等，并作为重建的合法依据。
- 若政府在规划许可中未明确禁止或限制某些建设行为，且重建房屋符合规划条件，则政府后续认定违建可能缺乏合法依据。
违建认定的程序：
- 违建认定需遵循法定程序，包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出认定决定等。
- 若政府在未履行上述程序的情况下直接认定重建房屋为违建，则可能构成程序违法。
二、可能存在的违法情形
政府行为的前后矛盾：
- 若政府先允许重建，后无正当理由改变态度认定违建，可能构成政府行为的反复无常，损害公民的信赖利益。
- 在这种情况下，公民可以主张政府行为违法，并要求政府承担相应的法律责任。
规划变更的合法性：
- 若政府在重建过程中变更规划，导致重建房屋不符合新的规划条件，政府需依法对变更规划的合法性进行说明，并给予公民合理的补偿或安置。
- 若政府未依法进行规划变更或未给予合理补偿，直接认定违建并要求拆除，可能构成违法。
三、公民的救济途径
行政复议：
- 公民对政府的违建认定决定不服的，可以依法申请行政复议，要求复议机关对政府行为的合法性进行审查。
行政诉讼：
- 公民也可以直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销政府的违建认定决定或确认政府行为违法。
四、具体建议
收集证据：
- 公民应收集与重建房屋相关的所有证据，包括规划许可、建设合同、付款凭证、政府通知等，以证明重建房屋的合法性和政府行为的矛盾性。
咨询专业律师：
- 在面对复杂的法律问题时，公民应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和救济途径。虽然这里我作为李永律师已经给出了一些分析，但具体案件还需具体分析，你可以直接向我咨询更详细的情况。
依法维权：
- 公民应依法通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益，避免采取过激行为或非法手段。
总结来说，政府先未认定老房屋为违建且规划后要求自行重建，再对重建房屋认定违建的行为是否合法，需结合具体情况判断。公民在面对此类问题时，应收集证据、咨询专业律师，并依法通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。如果你有更具体的情况或疑问，可以直接向我咨询。