结论：民国时期建造的房屋在城市更新中被认定成远年违章建筑是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、历史遗留问题与法律适用
历史遗留问题的特殊性：
- 民国时期建造的房屋，由于历史久远，其建造时的法律环境与现在大不相同。当时可能并未有严格的建筑规划、审批等制度，或者相关制度与现在存在显著差异。
- 因此，在判断这类房屋是否为违章建筑时，需要充分考虑其历史背景，不能简单地以现行法律标准来衡量。
法律适用的原则：
- 根据法律不溯及既往的原则，现行法律通常不适用于其生效前的行为或事件。因此，对于民国时期建造的房屋，不能直接应用现行法律来判定其是否为违章建筑。
- 如果当地有针对历史遗留建筑的相关规定或政策，应优先适用这些规定或政策。
二、违章建筑的认定标准
现行法律对违章建筑的定义：
- 违章建筑通常指的是违反国家法律法规、规章或地方性法规、规章的规定，未经批准擅自建造的建筑物或构筑物。
- 认定违章建筑需要依据具体的法律法规，如《城乡规划法》、《土地管理法》等。
认定过程中的考量因素：
- 在认定民国时期建造的房屋是否为违章建筑时，除了考虑现行法律外，还需要考虑房屋的历史使用情况、是否经过后续改造或扩建、是否对公共安全或城市规划造成影响等因素。
- 如果房屋在建造后长期存在，且未对公共安全或城市规划造成显著影响，那么将其认定为违章建筑可能缺乏合理性。
三、城市更新中的处理原则
保护历史文化遗产：
- 在城市更新过程中，应注重对历史文化遗产的保护。对于具有历史价值的建筑，应尽可能采取保护措施，而不是简单地拆除或认定为违章建筑。
- 如果民国时期建造的房屋具有历史、文化或艺术价值，那么应优先考虑对其进行保护或修缮。
合理补偿与安置：
- 如果房屋确实需要被拆除或改造，且被认定为违章建筑（在符合法律程序的前提下），那么应给予房屋所有权人合理的补偿和安置。
- 补偿标准应依据当地的相关规定执行，确保房屋所有权人的合法权益得到保障。
四、建议与行动
查阅当地政策：
- 建议你首先查阅当地关于历史遗留建筑和违章建筑的相关政策或规定，了解具体的认定标准和处理程序。
咨询专业机构或律师：
- 如果对房屋的认定存在疑问或争议，可以咨询当地的城市规划部门、房管部门或专业律师，获取更具体的法律意见和建议。
准备相关证据：
- 在处理过程中，应准备好房屋的相关证据，如建造时间、历史使用情况、产权证明等，以便在需要时提供证明。
总结：民国时期建造的房屋在城市更新中被认定成远年违章建筑是否合法，需结合具体情况判断。在处理过程中，应充分考虑房屋的历史背景、现行法律、城市规划以及历史文化遗产保护等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。