针对您提出的关于2000年房子被行政机关认定为无证规划手续违法建筑，并询问如何质证程序的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，行政机关对违法建筑的认定和处理通常遵循一套严格的程序。针对您的情况，虽然建筑建于2000年，但若确实存在无证规划手续的问题，行政机关仍可能依法进行查处。以下是您在面对此类情况时，可以关注并质证的程序要点：
一、立案阶段
- 审查立案条件：行政机关应对您的建筑是否符合立案条件进行审查，包括是否属于违法建设、是否在管辖范围内等。
- 立案呈批：若符合立案条件，行政机关应填报《立案呈批表》，并报相关领导审核签署意见后予以立案。
质证点：您可以要求行政机关出示立案的相关文件，确认立案程序是否合法，以及是否确实存在违法建设的初步证据。
二、调查取证阶段
- 调查询问：行政机关应指派两名以上具有执法资格的执法人员对您或相关人员进行调查询问，并制作《调查询问笔录》。
- 现场勘验：执法人员应对违法建筑进行现场勘验，制作《现场勘验笔录》，并拍照留存、固定证据。勘验笔录中应包含违法建筑的平面示意图，注明长×宽×高，并由您签名确认（若您不予配合，需有社区工作人员或隔壁邻居等予以现场见证）。
- 规划认定：行政机关应与自然资源和规划局及时联系，发出《对违法建设予以规划认定的函》，以确认您的建筑是否确实违反规划。
质证点：您可以要求查看调查询问笔录、现场勘验笔录以及规划认定的相关文件，确认调查取证过程是否合法、证据是否充分，以及规划认定是否准确。
三、告知与决定阶段
- 告知权利：行政机关在作出处罚决定前，应向您送达《行政处罚(听证)告知书》，告知您拟作出的行政处罚决定以及您享有的陈述、申辩及申请听证的权利。
- 作出决定：若您未在规定时间内提出陈述、申辩或申请听证，行政机关应依法作出《行政处罚决定书》，并告知您享有的行政复议、行政诉讼的权利。
质证点：您可以确认行政机关是否依法履行了告知义务，以及《行政处罚决定书》的内容是否合法、合理。若您认为行政处罚决定有误，可以在规定时间内提出行政复议或行政诉讼。
四、执行与后续阶段
- 催告与强制执行：若您逾期未履行行政处罚决定，行政机关应依法送达《履行行政决定催告书》，并在催告期限过后依法作出《行政强制执行决定书》并送达。
- 办结归档：强制拆除后，行政机关应将所有资料归档至执法监督股，经审核后报局长签字后结案办结。
质证点：在执行阶段，您可以关注行政机关是否依法履行了催告义务，以及强制执行决定是否合法。若您认为强制执行过程存在违法行为，可以依法提出异议或投诉。
总结与建议
在面对行政机关对违法建筑的认定和处理时，您应保持冷静并依法维护自己的合法权益。具体建议如下：
- 了解程序：详细了解行政机关查处违法建筑的程序和相关法律法规，以便在质证过程中能够有针对性地提出异议。
- 收集证据：积极收集与建筑合法性相关的证据材料，如建设许可证、规划许可证等（若存在），以证明您的建筑并非违法建设。
- 依法维权：若您认为行政机关的认定或处理决定存在错误或违法行为，可以依法提出行政复议或行政诉讼，以维护自己的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。若您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。