结论：分包商给您5000元，且您老板知情并允许您收取，这一行为是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论。
如果这笔钱是合法的劳务报酬或奖励：
- 在建设工程合同中，分包商可能会因为您或您所在团队的工作表现、完成特定任务或达到某种业绩标准而给予奖励或报酬。
- 如果这笔5000元是此类合法的劳务报酬或奖励，且您老板知情并允许收取，那么这一行为通常是合法的，不构成违法。
如果这笔钱是贿赂或回扣：
- 如果分包商给您这笔钱是为了获取不正当的利益，比如确保合同顺利签订、获得更优惠的条款、在工程验收中给予便利等，那么这笔钱就可能构成贿赂或回扣。
- 在这种情况下，即使您老板知情并允许收取，这一行为也是违法的，可能涉及行贿罪或受贿罪（如果您的身份构成国家工作人员或受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员）的构成要件，或者至少构成不正当竞争行为，违反商业道德和法律法规。
关于您老板的知情和允许：
- 您老板的知情和允许并不能改变行为本身的性质。如果行为本身是违法的，那么您老板的知情和允许并不能使其合法化。
- 相反，如果您老板知情并允许您收取贿赂或回扣，那么您老板也可能构成共同违法或犯罪。
法律建议：
- 在收取任何来自分包商或其他相关方的款项时，务必确保其合法性和正当性。
- 如果对款项的性质有疑问，应及时向公司法务部门或专业律师咨询，以避免潜在的法律风险。
- 如果发现分包商有行贿意图或行为，应坚决拒绝，并及时向公司高层或相关部门报告。
可能的法律后果：
- 如果收取的是贿赂或回扣，可能面临刑事处罚，包括但不限于罚款、没收财产、有期徒刑等。
- 同时，这种行为也可能对您的职业声誉和未来发展造成严重影响。
因此，在处理此类情况时，请务必谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规和商业道德的要求。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。