核心结论：公司员工在完成本职工作后，还为老板兼职开车，补发工资的方式需根据具体情况确定，一般可以通过协商、签订兼职协议或依据公司制度来补发。以下是具体分析：

1. 协商确定补发工资

   • 情况说明：员工与老板之间可以就兼职开车的工作进行友好协商，明确兼职的工作内容、工作时间以及补发工资的标准和方式。这种方式灵活且直接，能够迅速达成双方都能接受的协议。
   • 操作建议：员工可以主动与老板沟通，提出自己对于兼职开车的工资期望，并说明自己的工作付出和成本（如车辆磨损、油费等）。老板在考虑员工的实际付出和公司财务状况后，可以与员工协商确定一个合理的补发工资数额。

2. 签订兼职协议

   • 情况说明：为了保障双方的权益，员工与老板可以签订一份兼职协议，明确兼职开车的具体条款，包括工资标准、支付方式、工作时间、保密义务等。这种方式具有法律效力，能够更好地保护员工的权益。
   • 操作建议：员工可以起草一份兼职协议草案，或者寻求专业法律人士的帮助来起草协议。协议中应详细列明兼职开车的各项条款，特别是工资标准和支付方式。双方在签订协议前应仔细阅读并理解协议内容，确保协议的真实性和合法性。

3. 依据公司制度补发

   • 情况说明：如果公司有相关的兼职工资制度或规定，员工可以依据这些制度或规定来要求补发工资。这种方式需要公司有明确的制度支持，且员工需要了解并遵守这些制度。
   • 操作建议：员工可以查阅公司的相关制度或规定，了解兼职工资的发放标准和流程。如果公司没有明确的制度或规定，员工可以与人力资源部门或相关负责人沟通，提出制定或完善相关制度的建议。在制度完善前，员工仍可以与老板协商确定补发工资的方式。

额外提醒：在补发工资的过程中，员工应注意保留好相关证据，如兼职协议、工作记录、工资支付凭证等。这些证据在发生纠纷时能够起到关键作用，保护员工的合法权益。如果遇到老板拒绝补发工资或协商无果的情况，员工可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。