结论：大病请假超过两年后跟公司解除劳动合同是否有补偿金，需根据具体情况判断，主要包括医疗期是否结束、劳动合同解除的原因等因素。以下从不同角度进行分析：
一、医疗期未结束的情况
法律规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。
- 在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，除非职工存在严重违反用人单位规章制度等法定解除情形。
补偿金情况：
- 如果大病请假超过两年，但仍在医疗期内，且不存在法定解除情形，用人单位单方面解除劳动合同属于违法解除，职工有权要求用人单位支付赔偿金，赔偿金标准为经济补偿金的两倍。
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
二、医疗期已结束的情况
法律规定：
- 医疗期结束后，如果职工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
补偿金情况：
- 在这种情况下，用人单位解除劳动合同属于合法解除，但需要向职工支付经济补偿金，经济补偿金的标准同上。
- 如果用人单位未提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者未额外支付劳动者一个月工资，则可能构成违法解除，职工有权要求用人单位支付赔偿金。
三、其他特殊情况
劳动合同到期：
- 如果大病请假期间劳动合同到期，且医疗期未结束，劳动合同应当续延至医疗期满。医疗期满后，如果劳动合同仍未到期，且职工不能从事原工作或另行安排的工作，用人单位可以按照上述医疗期已结束的情况处理。
- 如果劳动合同在医疗期内到期，且用人单位不续签，则可能构成违法解除，职工有权要求赔偿金。
职工主动辞职：
- 如果职工在医疗期内或医疗期结束后主动辞职，且不存在用人单位违法用工等情形，则职工通常无权要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。
建议：
- 职工应首先了解自己的医疗期长度，以及劳动合同的具体条款和解除条件。
- 如果用人单位单方面解除劳动合同，职工应要求用人单位出具书面解除通知，并明确解除原因。
- 职工可以根据自身情况，向用人单位提出经济补偿金或赔偿金的请求，并保留好相关证据，如医疗证明、劳动合同、解除通知等。
- 如果与用人单位协商无果，职工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
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