结论：公司仅以员工只有初级消防设施操作员证为由辞退员工，是否合法需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 如果公司的规章制度或与员工签订的劳动合同中明确规定了员工必须持有特定级别的消防设施操作员证（如中级或高级），且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司以员工只有初级证为由辞退员工，在程序合法（如提前通知、支付经济补偿等）的前提下，可能是合法的。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同的内容。如果规章制度或劳动合同中已有明确约定，且该约定合法有效，那么双方应受其约束。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中并未明确规定员工必须持有特定级别的消防设施操作员证，那么公司仅以此为由辞退员工，可能构成违法解除劳动合同。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位解除劳动合同必须有法定事由，如员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职等。若公司无法证明员工只有初级证构成严重违反规章制度或无法胜任工作等法定事由，则辞退行为可能违法。
   • 额外考虑：即使公司认为员工只有初级证可能影响工作，也应先通过培训、调岗等方式帮助员工提升技能或适应岗位，而非直接辞退。

3. 关于消防设施操作员证级别的实际需求：

   • 实际上，消防设施操作员证的级别（初级、中级、高级）通常与员工的技能水平、工作经验和职责范围相关。但并非所有岗位都要求员工必须持有高级证。公司应根据岗位实际需求合理设定证书要求。
   • 建议：如果公司确实对消防设施操作员证的级别有特定要求，应在招聘时明确告知，并在规章制度或劳动合同中明确规定。同时，应为员工提供必要的培训和晋升机会，以促进员工的职业发展。

法律建议：

• 对于员工：如果公司仅以你只有初级消防设施操作员证为由辞退你，且规章制度或劳动合同中无明确规定，你可以向公司提出异议，并要求公司说明辞退的合法理由。如果公司无法提供合法理由，你可以考虑向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：在辞退员工前，应仔细审查规章制度和劳动合同中的相关条款，确保辞退行为有合法依据。同时，应遵循法定程序，如提前通知、支付经济补偿等，以避免法律风险。

后续行动建议：

• 如果你对公司的辞退行为有异议，建议收集相关证据（如规章制度、劳动合同、辞退通知等），并咨询专业律师（即我，江宗珉律师，专注于合同纠纷、劳动纠纷领域）以获取更具体的法律建议。
• 如果你希望与公司协商解决争议，也可以尝试通过沟通、调解等方式达成和解，以减少诉讼成本和时间成本。