协议签订后双方互不追究的条款，在符合法律规定且双方真实意思表示的情况下，通常是具有法律效力的。以下从多个角度为你详细分析：

法律效力基础

1. 意思自治原则：合同是双方意思表示一致的产物，只要双方在签订协议时，对“互不追究”的条款有清晰、明确的认识，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款就是有效的。例如，甲乙双方在签订一份合作协议时，明确约定在合作期间因对方过错造成的损失，双方互不追究责任，这样的条款在双方自愿的基础上是有效的。
2. 合同自由原则：合同自由原则包括缔约自由、选择相对人自由、内容自由、变更或解除自由以及形式自由等。在“互不追究”的条款上，双方有权自由约定其内容，只要该约定不损害国家、集体或第三人的利益，法律就会予以保护。

法律效力限制

1. 违法条款无效：如果“互不追究”的条款涉及违法内容，如免除一方因故意或重大过失造成对方人身伤害的责任，或者免除一方因故意或重大过失造成对方财产损失的责任，那么这样的条款是无效的。因为法律对这类行为有明确的禁止性规定，不允许当事人通过合同来规避。
2. 显失公平条款可撤销：如果“互不追究”的条款在订立时显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。例如，一方在签订协议时利用对方对法律的无知，约定了极不公平的“互不追究”条款，这样的条款在符合一定条件下是可以被撤销的。

实际应用建议

1. 明确条款内容：在签订协议时，双方应明确“互不追究”的具体范围、条件、期限等，避免出现模糊不清、容易引起歧义的表述。例如，可以明确约定“在合作期间，因一方非故意或重大过失造成的损失，双方互不追究责任”。
2. 保留相关证据：为了证明“互不追究”条款是双方真实意思表示，且不存在违法或显失公平的情形，双方应保留好协议签订过程中的相关证据，如邮件、聊天记录、录音录像等。
3. 及时咨询专业律师：如果对“互不追究”条款的法律效力存在疑问，或者担心条款可能存在违法或显失公平的情形，建议及时咨询专业律师，以便得到更准确、更全面的法律意见。

在实际操作中，协议签订后双方互不追究的条款是否具有法律效力，还需要根据具体情况进行具体分析。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。