企业机构撤销时，员工的赔偿计算主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，具体赔偿项目和计算方式如下：

1. 经济补偿金：

   • 计算依据：经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
   • 月工资标准：月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金标准按月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
   • 举例说明：
     • 如员工小李在A公司工作3年零4个月，平均月工资5000元，则经济补偿金为\(5000 \times 3.5 = 17500\)元。
     • 如员工小张在B公司工作15年，平均月工资30000元，当地上年度职工月平均工资8000元，则经济补偿金按月工资24000元（即\(8000 \times 3\)）计算，最高支付12年，即\(24000 \times 12 = 288000\)元。

2. 其他可能的赔偿：

   • 拖欠工资和加班费：企业需清算并支付拖欠的工资、加班费或其他福利待遇。
   • 未签订劳动合同或未缴纳社会保险的赔偿：若因企业违法行为导致员工权益受损，如未签订劳动合同、未缴纳社会保险等，员工可要求相应赔偿。

3. 特殊情况的考虑：

   • 孕期、产期、哺乳期的女职工：企业需给予特殊照顾和安排，确保其合法权益。例如，不得因企业撤销而解除与这些女职工的劳动合同，应支付相应的工资和福利待遇直至哺乳期结束。
   • 患有职业病或因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力的劳动者：企业需根据劳动能力鉴定结果支付相应的伤残津贴或一次性伤残补助金，并确保其医疗和生活保障。

4. 支付时间与程序：

   • 支付时间：企业应在办结工作交接时支付经济补偿金。逾期不支付，劳动行政部门可责令企业按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准加付赔偿金。
   • 程序要求：企业撤销前，应提前通知员工，并进行经济补偿的协商和支付。若无法达成一致，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的可向人民法院提起诉讼。

法律建议：

• 在企业机构撤销过程中，员工应密切关注自身权益，及时与企业沟通协商经济补偿事宜。
• 如遇纠纷或不确定如何计算赔偿金额，员工可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律指导和计算服务。

企业机构撤销时，员工的赔偿计算涉及多个方面，包括工作年限、月工资水平、特殊情况考虑及程序上的注意事项等。员工应充分了解相关法律法规，积极维护自身权益。