结论：公司年终盘点停工停产时扣年假和用周末调休是否违法，需分情况讨论。若公司未经员工同意单方面强制扣年假或用周末调休，则违法；若公司已与员工协商一致，且符合相关法律法规，则可能不违法。以下为详细分析：
一、关于扣年假的合法性
年假的法律规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作满一定年限后，享有带薪年休假的权利。年假的具体天数根据职工的工作年限确定，且用人单位应当保证职工享受年假。
公司扣年假的合法性分析：
- 未经员工同意：如果公司在年终盘点停工停产期间，未经员工同意单方面决定扣除员工的年假，这种行为是违法的。因为年假是员工的法定权利，公司无权单方面剥夺。
- 经员工同意：如果公司因年终盘点停工停产等特殊原因，需要调整员工的工作时间或休假安排，且已与员工协商一致，员工同意扣除年假以弥补停工停产期间的损失，那么这种行为可能是合法的。但前提是公司必须确保员工的年假权益不受侵害，且扣除年假后应给予员工相应的补偿或调整。
二、关于用周末调休的合法性
调休的法律规定：
- 调休通常指的是用人单位因工作需要，安排员工在周末或法定节假日工作后，给予员工相应的休息时间作为补偿。调休的具体安排应遵循相关法律法规和劳动合同的约定。
公司用周末调休的合法性分析：
- 未经员工同意：如果公司在年终盘点停工停产期间，未经员工同意单方面决定用周末调休来弥补停工停产期间的损失，这种行为可能是违法的。因为调休需要员工的同意，且应确保员工的休息权益不受侵害。
- 经员工同意且符合规定：如果公司已与员工协商一致，员工同意用周末调休来弥补停工停产期间的损失，且调休的安排符合相关法律法规和劳动合同的约定（如调休时间、调休方式等），那么这种行为可能是合法的。
三、综合建议
与公司协商：
- 如果公司提出扣年假或用周末调休的方案，员工应首先与公司进行协商，了解公司的具体安排和理由，并表达自己的意见和诉求。
查看劳动合同和规章制度：
- 员工应仔细查看自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于年假和调休的规定。如果公司的安排违反了劳动合同或规章制度的规定，员工有权拒绝并要求公司改正。
寻求法律援助：
- 如果员工与公司的协商无果，或者公司的行为严重侵害了员工的权益，员工可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉举报。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。