结论：国家法定节假日员工休假，公司扣员工的年休假时间，这一做法通常是违法的。

详细分析：

1. 法定节假日与年休假的性质：

   • 法定节假日：这是国家法律规定的全体公民放假的节日，如春节、国庆节等。员工在法定节假日休假是法定的权利，公司不得剥夺或变相剥夺。
   • 年休假：这是员工根据工作年限和公司规定享有的带薪休假权利。年休假与法定节假日是两个不同的概念，它们各自独立，互不影响。

2. 公司扣年休假时间的违法性：

   • 根据《劳动法》和相关规定，员工在法定节假日休假是法定的，公司不得因此扣减员工的年休假时间。年休假是员工应得的福利，与法定节假日的休假无关。
   • 如果公司因为员工在法定节假日休假而扣减其年休假时间，这实际上是对员工休假权利的侵犯，违反了相关法律法规。

3. 可能的例外情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况，比如某些特定行业或岗位，由于工作性质的特殊性，可能需要在法定节假日安排工作。但即便如此，公司也应该按照法律规定支付加班费或安排补休，而不是直接扣减员工的年休假时间。
   • 另外，如果公司与员工之间有特别的约定，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行也是可能的。但这种情况相对较少，且需要双方明确同意并签订书面协议。

4. 员工的维权途径：

   • 如果员工发现公司因为其在法定节假日休假而扣减了年休假时间，可以先与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误做法。
   • 如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

建议：

• 作为员工，应该了解自己的休假权利，包括法定节假日和年休假等。在休假前，最好与公司进行沟通确认，确保自己的休假权利得到保障。
• 作为公司，应该遵守相关法律法规，尊重员工的休假权利。在安排工作时，应该合理规划，避免因为工作安排不当而侵犯员工的休假权利。

如果有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，都可以直接向我咨询。