结论：倒班工作制员工在法定假期间休假，单位扣除其年休假的行为是否违法，需根据具体情况判断。一般情况下，若法定假日与年休假重合，单位不应扣除员工年休假；若单位安排员工在法定假日工作并后续安排补休或支付加班费，同时扣除年休假则可能违法。以下是对此问题的详细分析：

一、法定假日与年休假的关系

1. 法定假日的性质：法定假日是国家规定的全体公民放假的节日，如春节、国庆节等。在这些节日里，员工享有休息的权利，单位应当安排放假。

2. 年休假的性质：年休假是员工根据工作年限和单位规定享有的带薪休假权利。年休假与法定假日是两种不同的休假制度，各自独立存在。

二、单位扣除年休假的合法性分析

1. 法定假日与年休假重合的情况：

   • 如果法定假日恰好与员工的年休假重合，单位不应将这部分时间从员工的年休假中扣除。因为法定假日是员工依法享有的休息时间，与年休假无关。
   • 例如，春节假期为7天，如果这7天中包含了员工的年休假天数，单位不应因此减少员工的年休假天数。

2. 单位安排法定假日工作的情况：

   • 如果单位因工作需要安排员工在法定假日工作，根据《劳动法》的规定，单位应当安排员工补休或者支付加班费。
   • 在这种情况下，如果单位同时扣除员工的年休假作为补偿，则可能构成违法。因为年休假是员工独立的休假权利，不能因单位安排法定假日工作而被剥夺。

三、实际操作中的建议

1. 员工应了解自己的休假权利：员工应熟悉《劳动法》等相关法律法规，了解自己的年休假和法定假日权利。在遇到单位扣除年休假的情况时，能够明确自己的权益并据理力争。

2. 单位应合理安排休假：单位在安排员工休假时，应充分考虑员工的年休假和法定假日权利，避免将两者混淆或相互抵消。如果因工作需要安排员工在法定假日工作，应依法安排补休或支付加班费。

3. 协商与调解：如果员工与单位在休假问题上发生争议，可以首先尝试通过协商或调解解决。双方可以坐下来沟通，明确各自的权益和义务，寻求合理的解决方案。

4. 法律途径：如果协商和调解无法解决问题，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

最后，倒班工作制员工在法定假期间休假时，单位扣除其年休假的行为是否违法需根据具体情况判断。员工应了解自己的休假权利，单位应合理安排休假，并在发生争议时通过协商、调解或法律途径解决问题。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。