职工违法公司考勤制度时，工资的计算需根据具体情况及公司规章制度来确定，但通常应遵循“按劳分配、不扣减法定最低工资标准”的原则。以下从不同角度详细分析：
公司规章制度有明确规定时：
- 若公司依法制定的规章制度中，已明确规定了违反考勤制度的具体处罚措施（如迟到、早退、旷工等对应的工资扣减标准），且该制度已向职工公示或告知，则公司可按照制度规定执行工资扣减。
- 但需注意：扣减后的工资不得低于当地最低工资标准，且扣减比例应合理，不得滥用处罚权。例如，不能因职工一次迟到就扣减其全天工资。
公司规章制度无明确规定或规定违法时：
- 若公司规章制度未对违反考勤制度的工资扣减作出明确规定，或规定的内容违反法律法规（如扣减工资比例过高、扣减后工资低于最低工资标准等），则公司不得随意扣减职工工资。
- 此时，公司应与职工协商解决，或依据《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规，按照职工实际出勤情况支付工资。
特殊情况下的工资计算：
- 旷工：若职工旷工，公司可按照规章制度或劳动合同约定，不支付其旷工期间的工资。但同样需确保扣减后的工资不低于最低工资标准。
- 加班与调休：若职工因违反考勤制度导致无法享受加班工资或调休，公司应按照法律法规和公司制度处理。例如，若职工未按规定请假导致无法调休，公司可不安排调休，但应支付相应的加班工资（如适用）。
法律建议：
- 公司角度：建议公司依法制定完善的考勤管理制度，明确违反考勤制度的处罚措施，并向职工公示或告知。同时，确保扣减工资的比例合理，不违反法律法规。
- 职工角度：若职工认为公司扣减工资的行为违法或不合理，可与公司协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：职工违法公司考勤制度时，工资的计算需根据公司规章制度、法律法规以及实际情况来确定。公司应依法制定并执行合理的考勤管理制度，职工也应遵守公司规定，共同维护和谐的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。