员工违法违纪时工资的计算方式，需根据违纪的严重程度、公司规章制度以及相关法律法规综合判断，核心结论是：轻微违纪一般不影响工资发放，严重违纪可能导致工资扣减甚至解除合同无补偿，但扣减工资不得超过法定限度。以下是具体分析：
1. 轻微违纪：通常不影响工资发放
- 若员工违纪行为轻微（如迟到、早退但未造成损失），公司一般无权扣减工资，但可依据规章制度进行警告、批评教育等处理。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失。
2. 严重违纪：可能扣减工资或解除合同
- 扣减工资：若员工违纪行为给公司造成经济损失（如故意损坏财物、泄露商业秘密），公司可要求赔偿，但每月扣减部分不得超过当月工资的20%，且扣减后工资不得低于当地最低工资标准。
- 解除合同：若员工严重违反公司规章制度（如旷工、盗窃、打架斗殴），公司可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，且无需支付经济补偿。此时，工资应结算至离职当日，但公司仍需遵守最低工资标准规定。
3. 公司规章制度需合法有效
- 公司扣减工资或解除合同的前提是规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论），并向员工公示或告知。若规章制度违法（如规定“迟到一次扣半月工资”），则相关条款无效，员工可主张权益。
4. 特殊情形：刑事责任与工资
- 若员工因违法被追究刑事责任（如贪污、受贿），公司可立即解除劳动合同，且无需支付经济补偿。工资结算至刑事拘留或逮捕之日，但若最终被宣告无罪，公司需补发工资并可能承担赔偿责任。
行动建议：
- 员工：若公司违法扣减工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补发工资并赔偿损失。
- 公司：制定规章制度时需确保合法性，处理违纪员工时需留存证据（如监控录像、书面警告），避免因程序违法承担赔偿责任。
如有具体案件细节（如违纪类型、公司制度内容），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的分析。