结论前置：公司因员工休年假而扣除考勤工资的行为，通常是不合法的，员工有权要求公司补发被扣工资。以下从多个角度详细分析：
年假的法律性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，员工休年假时，公司应当按照其正常工资标准支付工资，不得因员工休年假而降低其工资待遇。
公司扣考勤工资的合法性分析：
- 如果公司以员工休年假为由扣除考勤工资，这实际上是在降低员工在年假期间的工资待遇，这与法律规定相悖。因此，公司扣除考勤工资的行为通常是不合法的。
- 除非公司能够证明员工在年假期间存在违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，且该行为与工资扣除有直接关联，但这种情况较为罕见，且需要公司承担举证责任。
员工的维权途径：
- 如果公司确实扣除了员工的考勤工资，员工有权要求公司补发被扣工资。
- 员工可以先与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付年假期间的工资。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
实际操作中的注意事项：
- 员工在休年假前，最好与公司确认年假期间的工资支付情况，并保留好相关证据，如工资条、考勤记录等。
- 如果公司拒绝支付年假工资或扣除考勤工资，员工在维权时应当提供充分的证据证明自己的主张，如劳动合同、工资条、考勤记录、年假申请单等。
举例说明：假设某员工月工资为5000元，公司因其休年假而扣除了1000元的考勤工资。员工在发现后，可以先与公司协商要求补发这1000元工资。如果公司拒绝，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，并提供相关证据证明自己的月工资标准以及公司扣除工资的事实。在劳动仲裁或诉讼过程中，如果公司无法提供合法依据证明其扣除工资的行为是合理的，那么员工将有权获得被扣工资的补发以及可能的赔偿。
建议：如果遇到公司因休年假而扣除考勤工资的情况，建议员工先与公司协商解决；如果协商无果，再考虑通过法律途径维权。同时，员工在维权过程中应当保持冷静、理性，并准备好相关证据以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。