针对员工违反公司考勤制度的情况，处理方式需要依据公司的具体规章制度以及相关法律法规来进行，确保既维护公司的正常运营秩序，又保障员工的合法权益。以下是一些详细且深入的处理建议：

一、明确规章制度

首先，公司应制定明确、具体、合法的考勤制度，并在员工入职时进行充分告知和确认。考勤制度中应明确规定考勤方式、迟到、早退、旷工等行为的定义及相应的处罚措施。例如，可以规定“连续旷工满3天或累计旷工满4天，或委托他人或帮助他人在上下班时代打卡、伪造考勤记录等行为，用人单位可单方解除劳动合同”。

二、核实违规事实

在发现员工存在考勤异常行为时，公司应及时进行核实。可以通过查看考勤记录、视频监控、与员工面谈等方式，确认员工是否存在违规行为以及违规的具体情况。例如，在芜湖市弋江区人民法院审结的劳动纠纷案例中，公司就是通过查看考勤记录和视频监控，并面谈确认了员工存在虚假打卡行为。

三、依据规章制度处理

根据核实后的违规事实，公司应依据规章制度对员工进行相应的处理。处理方式可以包括警告、罚款、扣发奖金、降职降薪、解除劳动合同等。但需要注意的是，处理方式必须合法、合理且善意，不能超出规章制度的范围或加重员工的违纪责任。例如，在上海市黄浦区人民法院审结的劳动纠纷案例中，公司因过度扣除员工工资而被法院判决支付工资差额，这就是因为公司的处理方式超出了合理范围。

四、遵循法律程序

在处理员工违反考勤制度的行为时，公司应遵循法律程序。如果公司决定解除劳动合同，应提前告知员工解除的理由和依据，并听取员工的陈述和申辩。如果员工对处理结果有异议，可以申请劳动仲裁或提起诉讼。公司应积极应对劳动仲裁或诉讼，提供充分的证据来支持自己的处理决定。

五、加强员工教育和管理

除了对违规员工进行处理外，公司还应加强员工的教育和管理。可以通过培训、宣传等方式提高员工对考勤制度的认识和遵守意识。同时，公司也可以建立激励机制，鼓励员工遵守考勤制度，如设立全勤奖等。

六、合法合规的扣款情形

在处理员工违反考勤制度时，如果涉及扣款，公司应确保扣款行为合法合规。根据《工资支付暂行规定》，公司可以代扣员工工资的情形包括：代扣代缴的个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费或赡养费，以及法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。此外，如果因员工本人原因给公司造成经济损失，公司可以从员工工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

综上所述，处理员工违反公司考勤制度的行为需要公司依据规章制度、核实违规事实、遵循法律程序、加强员工教育和管理，并确保扣款行为合法合规。这样才能既维护公司的正常运营秩序，又保障员工的合法权益。