核心结论：工资表未保存两年备查属于违反《工资支付暂行规定》的行为，企业可能面临劳动行政部门的责令改正、警告甚至罚款，同时可能在与员工发生劳动争议时承担不利后果。以下是具体分析和处理建议：

1. 法律责任与风险

根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者姓名及签字，并保存两年以上备查。若未履行该义务：

• 行政责任：劳动行政部门可责令限期改正；逾期不改正的，可能给予警告或处以罚款（具体罚款标准因地区而异，如《广东省劳动保障监察条例》规定罚款2000元以上2万元以下）。
• 举证责任倒置：在劳动争议中（如员工主张加班费、未足额支付工资等），若企业无法提供工资表等证据，法院或仲裁机构可能直接采信员工的主张，企业需承担败诉风险。

2. 补救措施

若发现工资表未保存两年，企业应立即采取以下行动：

• 恢复或重建工资记录：
  • 通过财务系统、银行转账记录、员工签字确认的考勤表等辅助证据，尽可能还原工资支付情况。
  • 若部分员工工资通过现金发放，需补充员工签字确认的现金领取单（需注明日期、金额、用途）。
• 与员工协商补签确认：
  • 对在职员工，可要求其补签工资确认单（注明“此前工资已足额支付，无争议”），降低未来纠纷风险。
  • 对离职员工，若涉及争议，可尝试通过调解或协商解决，避免直接进入仲裁程序。
• 完善内部制度：
  • 建立电子化工资管理系统，自动备份工资表至云端或外部硬盘，确保数据安全。
  • 指定专人负责工资记录的保存，并定期检查保存情况。

3. 应对劳动监察或仲裁

若已收到劳动监察部门的整改通知或员工仲裁申请：

• 积极配合调查：主动提交现有工资记录及辅助证据，说明未保存的原因（如系统故障、人员疏忽等），争取从轻处理。
• 避免伪造证据：若无法恢复工资表，切勿伪造或篡改记录，否则可能面临更严重的行政处罚甚至刑事责任（如《刑法》第二百八十条关于伪造公司、企业印章罪的规定）。
• 寻求专业支持：可委托律师协助整理证据、撰写答辩材料，并在仲裁或诉讼中代理企业应诉。

4. 预防未来风险

• 定期自查：每半年检查一次工资记录保存情况，确保符合法律规定。
• 员工培训：对HR和财务人员进行劳动法培训，强调工资记录保存的重要性。
• 法律合规审查：定期邀请律师对企业劳动用工制度进行合规审查，及时发现并纠正潜在问题。

总结：工资表未保存两年备查虽不直接导致企业败诉，但会显著增加举证难度和法律风险。企业应立即采取补救措施，完善内部管理，并在争议发生时积极应对，以最大限度降低损失。如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。