结论概述：在建设工程合同纠纷中，即便第三方鉴定测量证实已超支工程款，法院未驳回起诉可能涉及多方面原因，包括但不限于合同条款的约定、鉴定程序的合法性、证据的充分性、法律关系的复杂性以及法院对案件事实的全面审查等。以下是对这些可能原因的详细分析：

1. 合同条款的约定：

   • 解释：建设工程合同中可能包含关于工程款支付、调整及超支处理的特定条款。如果合同中明确规定了超支情况下的处理方式，如双方需协商、需经过特定程序确认等，那么即便第三方鉴定显示超支，法院也可能认为需先依据合同条款处理，而非直接驳回起诉。
   • 建议：审查合同条款，了解双方关于工程款超支的具体约定，以及这些约定是否已被遵循或是否可被法院采纳。

2. 鉴定程序的合法性：

   • 解释：第三方鉴定的合法性、公正性及准确性是法院考虑的重要因素。如果鉴定程序存在瑕疵，如鉴定机构不具备相应资质、鉴定方法不科学、鉴定过程不透明等，法院可能不会完全采纳鉴定结果，从而不会直接驳回起诉。
   • 建议：确认鉴定机构的资质、鉴定方法的科学性及鉴定过程的透明度，必要时可申请重新鉴定或要求法院对鉴定结果进行审查。

3. 证据的充分性：

   • 解释：在诉讼中，证据的充分性是决定案件走向的关键。即便第三方鉴定显示超支，但如果被告方能提供充分证据证明超支并非其责任，或存在其他合理原因导致超支，法院可能不会直接驳回起诉，而是会进一步审查双方证据，以确定责任归属。
   • 建议：收集并整理所有相关证据，包括合同、支付记录、变更通知、沟通记录等，以证明己方立场。

4. 法律关系的复杂性：

   • 解释：建设工程合同纠纷往往涉及多方主体、多个法律关系及复杂的交易结构。在某些情况下，超支可能并非单一原因导致，而是涉及多个因素的综合作用。法院在审理此类案件时，会综合考虑各种因素，以确定责任归属及处理方式。
   • 建议：分析案件涉及的法律关系及交易结构，了解超支的具体原因及责任归属，以便在诉讼中提出有针对性的抗辩。

5. 法院对案件事实的全面审查：

   • 解释：法院在审理案件时，会全面审查案件事实，包括双方的主张、证据及法律适用等。即便第三方鉴定显示超支，法院也可能认为需要进一步审查案件事实，以确定是否存在其他争议焦点或需要进一步调查的事项。
   • 建议：积极配合法院的审理工作，提供必要的协助及信息，以便法院能够全面、准确地了解案件事实。

进一步思考：在处理此类纠纷时，除了关注上述因素外，还应考虑诉讼策略的选择、证据的收集与整理、法律条文的适用及案例的参考等。如果你或你的企业正面临此类纠纷，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。