结论：员工签了长期工作协议后又因工资做补差调整而违约，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
协议内容与法律规定：
- 首先，要查看长期工作协议中是否有关于工资调整、违约责任等具体条款。如果协议中明确规定了工资调整的条件、程序以及违约责任，那么双方应严格按照协议执行。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工资。但变更劳动合同，应当采用书面形式。如果工资补差调整是双方协商一致的结果，并且已经以书面形式确认，那么这种调整是合法的。
违约行为的合法性判断：
- 如果工资补差调整并非双方协商一致，而是用人单位单方面决定，且未按照法律规定或协议约定进行，那么员工因此违约可能并不构成非法行为。但员工违约的具体法律后果，还需看协议中的违约责任条款以及相关法律法规的规定。
- 如果员工认为工资补差调整违法或不合理，可以通过合法途径维护自己的权益，如与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等，而不是直接选择违约。
可能的法律后果：
- 如果员工违约行为被认定为非法，那么员工可能需要承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。具体责任大小，需根据协议中的违约责任条款以及实际损失情况来确定。
- 如果员工违约行为被认定为合法（如因用人单位违法调整工资而违约），那么员工可能不需要承担违约责任，甚至有权要求用人单位承担相应的法律责任。
建议：
- 对于员工而言，在签订长期工作协议时，应仔细阅读协议条款，特别是关于工资调整、违约责任等关键内容。如果对协议条款有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，确保自己的权益得到保障。
- 如果发生工资补差调整等争议，员工应首先与用人单位进行协商，尝试通过友好方式解决问题。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，工资补差调整往往涉及复杂的法律关系和利益博弈。因此，在处理此类问题时，建议双方保持冷静和理性，通过合法途径寻求解决方案。同时，也提醒用人单位在调整工资时，应严格遵守法律法规和协议约定，避免引发不必要的法律纠纷。
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