结论：公司若因试用期不合格辞退员工，在档案中故意填写不实信息是不合法的，员工有权采取措施维护自身权益。以下从多个角度进行分析：
一、公司行为的合法性分析
档案记录的客观性要求：
- 员工档案是记录员工工作经历、表现等的重要文件，应当客观、真实、准确。公司因试用期不合格辞退员工，在档案中应如实记录辞退原因，而非故意填写不实信息。
- 若公司故意在档案中填写不实信息，如夸大员工过错、捏造事实等，这不仅违反了档案记录的客观性要求，也可能构成对员工名誉权的侵害。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位在解除劳动合同时，应当向劳动者说明理由，并出具解除劳动合同的证明。该证明应当真实、准确，不得捏造或歪曲事实。
- 若公司故意在档案中填写不实信息，员工有权要求公司更正，并可能因此对公司提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
二、员工权益的维护
要求公司更正档案：
- 员工在发现档案中存在不实信息后，应首先与公司沟通，要求公司更正档案中的错误记录。
- 在沟通过程中，员工可以保留相关证据，如邮件、聊天记录等，以证明公司存在故意填写不实信息的行为。
向劳动监察部门投诉：
- 若公司拒绝更正档案或未给予合理回应，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
- 劳动监察部门在调查后，若确认公司存在违法行为，会依法对公司进行处罚，并要求公司更正档案。
提起诉讼：
- 若公司的不实记录对员工造成了实际损害，如影响员工再就业、导致员工名誉受损等，员工可以向法院提起诉讼，要求公司承担相应的民事责任。
- 在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明公司存在故意填写不实信息的行为，以及该行为对员工造成的实际损害。
三、实际操作建议
保留证据：
- 员工在发现档案中存在不实信息后，应立即保留相关证据，如档案复印件、与公司沟通的记录等。
- 这些证据在后续的维权过程中将起到关键作用。
及时沟通：
- 员工应尽快与公司沟通，要求公司更正档案中的错误记录。在沟通过程中，保持冷静、理性，避免情绪化表达。
寻求法律援助：
- 若员工在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师将根据员工的实际情况提供具体的法律建议和指导。
最后，公司因试用期不合格辞退员工时，在档案中故意填写不实信息是不合法的。员工有权要求公司更正档案、向劳动监察部门投诉或提起诉讼来维护自身权益。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。