关于“在公司上班工资由别的公司发放是否合法”的问题，结论是：这种情况是否合法取决于具体情形和背后的法律关系，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

1. 关联公司代发工资的合法性

• 常见情形：如果发放工资的公司与你的用人单位存在关联关系（如母子公司、总分机构），且这种代发行为是基于双方之间的合法协议或内部安排，同时你的劳动合同是与实际用人单位签订的，那么这种代发工资的行为通常是合法的。
• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。只要劳动合同关系清晰，且工资实际支付不影响你的权益（如按时足额支付、社保缴纳等），代发行为本身不违法。

2. 非关联公司代发工资的合法性

• 潜在风险：如果发放工资的公司与你的用人单位没有关联关系，且没有合理的解释或协议支持这种代发行为，那么可能存在法律风险。例如，用人单位可能试图通过这种方式规避劳动法律义务（如社保缴纳、工资支付记录等），或者存在其他不正当目的。
• 法律后果：在这种情况下，如果代发行为导致你的权益受损（如工资未按时足额支付、社保未缴纳等），你可以向实际用人单位主张权利，并要求其承担相应的法律责任。同时，如果代发公司存在过错或与用人单位共同侵权，你也可以考虑将两者列为共同被告。

3. 特殊情形下的合法性判断

• 劳务派遣：如果你属于劳务派遣员工，那么你的工资可能由劳务派遣公司发放，而实际工作单位是另一家公司。这种情况下，只要劳务派遣公司与你签订了合法的劳动合同，并按照约定支付工资和缴纳社保，那么这种代发行为是合法的。
• 业务外包：如果用人单位将部分业务外包给其他公司，而你作为外包公司的员工被派驻到用人单位工作，那么你的工资应由外包公司发放。这种情况下，只要外包公司与你签订了合法的劳动合同，并履行了相应的法律义务，那么代发行为也是合法的。

4. 给你的建议

• 核实劳动合同：首先，确认你与哪家公司签订了劳动合同，这是判断工资发放合法性的关键。
• 了解工资发放情况：如果工资由其他公司发放，了解背后的原因和协议安排，确保你的权益不受影响。
• 保留证据：无论工资由哪家公司发放，都应保留好工资条、银行转账记录等证据，以备不时之需。
• 及时咨询：如果你对工资发放情况有疑问或担忧，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。

总结：工资由别的公司发放是否合法，取决于具体情形和背后的法律关系。在大多数情况下，如果这种代发行为是基于合法协议或内部安排，且不影响你的权益，那么它是合法的。但如果你对此有疑问或担忧，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律意见。