结论：在公司上班但合同签的是别的公司，这种行为是否合法需分情况讨论。若存在关联企业安排或代理委托关系，并且劳动者权益得到有效保障，则通常合法；若存在主体欺诈或导致劳动者权益受损，则为不合法。

详细分析：

1. 合法的情况：

   • 关联企业或集团内部安排：
     • 当与劳动者实际建立劳动关系的用人单位和签订合同的公司属于关联企业（如母公司、子公司等），且这种安排是基于企业集团的整体管理、运营策略时，若劳动者知晓并同意此操作，且其工资发放、社保缴纳、劳动条件等各项劳动权益均能得到有效保障，则此种做法合法。
     • 举例：大型集团公司为统一人力资源管理，可能安排旗下的人力资源管理子公司与各地子公司的员工统一签订劳动合同，但员工的实际工作地点、工作内容等保持不变，且薪酬福利按标准执行。
   • 代理或委托关系：
     • 若签订合同的公司是受实际用工单位的委托，以自己的名义与劳动者签订劳动合同，并在合同中明确说明了代理关系及各方权利义务，同时实际用工单位认可该劳动合同的效力并愿意承担相应责任，则这种做法也是合法的。
     • 举例：劳务派遣公司受实际用工企业委托，与派遣员工签订明确约定了派遣岗位、期限、劳动报酬等内容的劳动合同。

2. 不合法的情况：

   • 主体欺诈：
     • 如果用人单位故意以一个与实际用工主体毫无关系的虚假公司名称签订劳动合同，目的是逃避法律责任、隐藏真实用工信息，从而侵害劳动者的合法权益，这种行为是不合法的。
     • 举例：实际用工单位为规避缴纳社保、随意克扣工资等责任，使用不存在或与实际经营无关的公司名称与劳动者签订合同。
   • 导致劳动者权益受损：
     • 即使签订合同的公司与实际用工单位存在一定关联，但若在签订合同过程中未向劳动者明确说明情况，导致劳动者对实际的用工主体、劳动权益保障等产生误解，且在后续履行劳动合同过程中，劳动者的权益因这种不明确的主体关系而受到损害，则这种签订方式也是不合法的。
     • 举例：劳动者误以为是与知名企业签订合同，但实际是与一个经营状况不佳的关联公司签约，后来该关联公司破产，导致劳动者的工资、经济补偿等无法兑现。

法律建议：

• 在签订劳动合同前，劳动者应仔细审查合同内容，特别是公司名称、实际用工单位、劳动权益保障等关键条款，确保自己充分了解并同意合同中的各项规定。
• 若对合同内容存在疑虑或不明之处，应及时向用人单位提出询问，并要求其给出明确答复。
• 如发现用人单位存在主体欺诈或可能导致自己权益受损的情况，应拒绝签订合同，并及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

可能法律后果：

• 若因签订不合法的劳动合同而导致劳动者权益受损，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任，包括支付工资、经济补偿、赔偿金等。
• 在极端情况下，如用人单位的行为构成犯罪，劳动者还可以向公安机关报案，追究其刑事责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。